“不幸的是,考虑到这种变异的范围,在本地检测到这种变异和其他变异也就不足为奇了。 病毒 大学健康服务 (UHS) 医学主任安娜·哈特 (Anna Harte) 博士说:“目前正在区域、国家和国际范围内传播。” “随着更多病毒的传播,新出现的更具传播性的毒株将趋于主导。 更令人担忧的是他们是否会抵制我们的 疫苗,以及它们的杀伤力。 我们越有效地控制传播,我们就越有可能将其扼杀在萌芽状态。 在这次大流行期间,人们必须比以前更加小心,以便我们可以接种疫苗并保护那些最有可能患上重病的人,这一点绝对至关重要。”
校园现在的 COVID-19 学生人数激增,这迫使管理人员指示目前住在校园宿舍的所有学生进行自我隔离,以帮助遏制传播。 学生应尽可能呆在自己的房间里,并在宿舍楼层的公共区域时戴上口罩。
B.1.1.7 变体的两个加州大学伯克利分校案例是由一组正在测序的研究人员发现的 病毒- 在对所有现场学生、教职员工进行有症状和无症状测试期间获得的阳性样本。 受感染的学生分别于 19 月 21 日和 XNUMX 日报告了症状并接受了冠状病毒检测。 UHS 工作人员进行的接触者追踪显示,两人都是最近从国外抵达美国,并且有联系。
最近的测序还发现了有关本地病毒变体的更多细节。
在一组 95 个病毒 基因组 最近测序的所有数据均在 4 年 2020 月 21 日至 2021 年 26 月 20 日期间收集,其中近四分之一(2%)是一种相对较新的加利福尼亚变种,称为 CAL.1,000C,正在席卷全州。 截至 19 月 XNUMX 日,加利福尼亚州报告了 XNUMX 多例这种变体。 在洛杉矶地区,该变种占所有 COVID-XNUMX 病例的四分之一到三分之一。 这种新变种的特征仍然未知,但有人担心它也可能更具传染性。
此外,今年 20 月检测出 CAL.XNUMXC 呈阳性的一个人之前曾感染过不同的变种 SARS-COV-2,2020 年 XNUMX 月。
医学专家斯塔西娅·怀曼 (Stacia Wyman) 说,这种再感染在世界各地都有报道,但仍然很少见。 基因组学 他领导加州大学伯克利分校创新基因组学研究所的测序工作。
怀曼说:“似乎接管了至少三分之一病例的 CAL.20C 变种能够重新感染某人,这真的很重要。” “那个人的病毒载量非常高。”
病毒监测
自去年 19 月 IGI 研究人员首次动员应对 COVID-XNUMX 大流行以来,Wyman 和同事、生物工程助理教授 Liana Lareau 开辟了一个关键的利基市场:监测 突变 在当地社区的 SARS-CoV-2 病毒中。 IGI 研究人员在 XNUMX 月份开始测试校园和社区样本后,他们开始对每个显示出足够高病毒载量的拭子样本中的病毒进行测序。
迄今为止,她和她的团队已经重建了 750 个病毒样本的序列,所有这些样本都已上传到跟踪变异传播的国家数据库。 IGI 小组是疾病控制和预防中心公共卫生应急响应、流行病学和监测测序 (SPHERES) 计划的一部分,还与 Charles Chiu 领导的加州大学旧金山分校测序工作合作,他首先确定了 CAL.20C一月初的变种。
作为全国追踪新兴变种努力的一部分,Wyman 的团队目前正在实施一个快速管道,从测试到进入公共数据库需要两周的时间。 前一周的阳性样本整理到96孔板上,进行为期两天的测序文库准备,样本在Illumina MiSeq上测序,大约需要三天,然后在两天内进行分析并公开.
她说,与 97 年美国的平均 2020 天相比,更快的周转对于跟踪新变种尤为重要。她还将实验室在当前校园爆发期间的每周容量增加了一倍,以便对发现的几乎所有阳性病例进行测序在校园。
一旦为每个样本构建了病毒基因组,她就会在图表上绘制所有病毒突变,代表一个进化树,显示校园病毒如何随时间变化以及新变种的到来。 从一个人到另一个人的传播通常涉及至少一个新的突变,这使她能够在感染在人群中传播时追踪变异。
例如,去年 52 月,当疫情被追溯到校外聚会时,她记录了 XNUMX 人中相同的三个明显突变,使聚会成为真正的超级传播者事件。
她说:“我对到目前为止我们组装的所有基因组进行了测序,其中 52 个是相同的,这意味着一个人在一次聚会上给了 52 人 COVID。” “然后我们又有 XNUMX 个病例与该基因组相距一个突变,所以我们知道它来自那次爆发。”
然而,好消息是这个变种基本上消失了。 她将 UHS 的及时联系追踪和校园的教育工作归功于 安全校园倡议 当时正在进行的测试。
“因为他们正在吸引人们并教育他们,所以我们遇到了那个大高峰,但后来它被关闭了,我们没有看到更多的病例,这太棒了,证明了校园在这种情况下的反应,”她说.
Wyman 和她的团队现在正准备对校园中出现的许多新病例进行测序,以了解起源于英国的变种还是 CAL.20C 变种——或者其他变种——是否正在更广泛地传播。 目前没有证据表明新变种与最近校园 COVID-19 病例激增有关。 起源于加利福尼亚的变体也可能更具传播性,因为它比其他变体迅速占据优势,但尚未完成对该假设的检验。
与此同时,Wyman 说她会格外小心,以免自己感染任何新变种。
“人们需要小心。 那里有更多的变种,有更多的人感染了 COVID-19,”她说。 “现在非常重要的是,当我们试图让尽可能多的人接种疫苗时,我们要尽可能地减缓病毒传播速度,并让疫苗有机会发挥作用。”