概述

IGI 下一代测序核心 (NGS Core) 是创新基因组学研究所转化基因组学中心、IGI 临床实验室和 IGI 研究人员的联合倡议。

NGS 核心旨在通过为 IGI 成员提供快速、最先进、具有成本效益的内部测序服务来推进基因组工程创新。

我们提供越来越多的服务，从文库构建到测序，再到完整的实验设计和支持。 构成 NGS Core 基础的测序仪包括两个 Illumina MiSeq、一个 Illumina iSeq 和我们最高容量的机器，一个 Illumina NextSeq2000。 这些工具共同为 IGI 成员提供了一系列灵活的选项，并使 NGS 核心能够同时支持广泛的应用程序和项目。

NGS核心服务

研究测序

无论您是想对自己生成的文库进行测序，还是要协助创建文库，我们都可以提供帮助。 我们的目标是以经济的充电率实现高通量测序，作为对您实验室的内部服务。

我们了解并非所有研究都是一样的，因此我们开发了一系列 NGS 服务来涵盖 IGI 当前 NGS 需求的范围，并为根据您的研究需求量身定制的定制实验提供咨询服务。

我们在这里倾听并创造解决方案。 

1. 细胞基因编辑 NGS 分析

为了支持您的研究，我们目前提供以下服务：

	部分扩增子文库制备和测序: PCR2 + 磁珠清理 + QC + 测序  只 设计 PCR1 的引物（连同存根，见 这个文件 详细信息）并在 PCR1+BeadClean 后提交清洁、量化（nanodrop/qubit/picogreen）文库。  We 接受 PCR1 后和纯化文库. 然后，我们准备文库准备的其余部分，包括索引 PCR、BeadClean 和 QC（Qubit、片段分析器和 qPCR）和序列。  部分扩增子测序可以定制； 您可以根据您的测序需求（测序深度和长度）与其他用户共享运行（并分担成本），或者您可以在单个泳道上运行您的样品。
	完整的扩增子文库制备和测序: PCR1 + PCR2 + 磁珠清理 + QC + 测序 只 提交量化 的DNA 样品。 我们可以协助设计您的引物，并与您的样品一起发货。 We 准备完整的扩增子文库制备（PCR1+PCR2+BeadClean）、QC（Qubit、Trace 分析和 qPCR）和测序。 测序可以定制； 您可以根据您的测序需求（测序深度和长度）与其他用户共享运行（并分担成本），或者您可以在单个泳道上运行您的样品。 请注意：此服务目前仅适用于 IGI 的 Clin1 项目。

2. 只是测序

如果您只需要在 NGS Core 的一个测序仪上的单个泳道上运行测序：

需要更多 NGS 研究选项？ 

我们很高兴与您会面，讨论您项目的任何方面，包括项目设计、定制文库制备、测序实验和数据分析。

欢迎联系 netrak@berkeley.edu 安排您的咨询。

SARS-CoV-2 测序

临床实验室 施行 病毒 使用 Illumina 的 COVIDSeq 技术对阳性 SARS-CoV-2 诊断样本进行测序，以分配病毒变体，向当地公共卫生部门报告变体，并为更广泛的研究做出贡献 基因组 检测新变种的传播和发展的监视工作。

临床实验室正在寻求将该测试验证为诊断测试，以允许向临床医生和患者报告变异信息。 

如果您对此服务感兴趣，请联系 csherry@berkeley.edu 获取更多信息.

定价

定价基于成本回收模型，并将根据实验和测序运行要求而有所不同。 

每个测序仪运行都可以定制或共享，具体取决于用户的需求，例如读取深度、读取长度、周转时间和该周提交的数量。 如果可以选择共享，用户将以 25% 的增量共享测序价格。

NGS 测序核心的典型费用详述如下。 如需估价，请发送电子邮件至 netrak@berkeley.edu.

咨询/定制设计准备

• IGI价格： $ 67每小时
• 外部价格： $ 108每小时
  

扩增子文库准备成本

	部分扩增子文库制备和测序: PCR2+质控 IGI价格： 每个样品 $14 外部价格： 每个样品 $22
	完整的扩增子文库制备和测序: PCR1+PCR2+QC（不包括定制引物） IGI价格： 每个样品 $18 外部价格： 每个样品 $30

NGS 运行选项和成本

我们使用各种成功且被广泛采用的工具进行下一代测序。 我们的技术基础设施包括三个 Illumina 测序仪：iSeq100、MiSeq 和 NextSeq2000。 

有关哪种测序运行类型最适合您的需求的建议，请联系 netrak@berkeley.edu 安排咨询。

序列 — iSeq 是低通量 Illumina 测序仪之一，可提供多达 4 万次读取。 iSeq 100 为那些希望在专用运行中以快速周转时间运行较小项目的人提供了完美的解决方案。

米序列 — Illumina MiSeq 可实现从 1 万到 25 万个读取对的不同水平的输出。 该仪器支持需要 1-3 天运行时间的单端和双端循环。 MiSeq 非常适合小型测序项目，例如小型基因组测序和目标扩增子测序项目。

下一个序列 2000 - Illumina NextSeq 2000 每次运行最多可提供 1.1 亿次读取。 NextSeq 2000 的应用包括单细胞 RNA-seq、全外显子组测序和小型全基因组测序. NextSeq 2000 上的测序最多可能需要 2 天时间。

全方位服务图书馆准备和调查设计

我们的全方位服务选项和定制调查设计按每个样本加上咨询小时费率进行准备和排序。 请联系 netrak@berkeley.edu 讨论您的实验设计并获得报价。

样品制备

为确保成功测序，提交给 NGS 核心的所有样本都必须遵守我们当前的指南。 在此处查找样品制备指南。

订购

计费和发票

NGS Core 使用 UC Berkeley Recharge 系统。 NGS 核心充值单元仅适用于 IGI 会员，您可以使用图表字符串轻松支付我们的服务费用。

我们的标准服务报价是通过我们的在线订单自动生成的 NGS核心 提交门户。 

在订单提交期间，您必须从列表中输入一个有效的图表字符串，用户已被授权使用该图表字符串。 如果您的图表字符串不在列表中，请发送电子邮件 netrak@berkeley.edu （在此电子邮件中复制您的 PI）并提供以下信息：

• 单位
• 基金代码
• 组织/部门
• 学习计划
• 查特菲尔德 1
• 查特菲尔德 2
• 资金来源结束日期
• 获授权使用资金的成员

请注意，当团队成员将任何资金来源/图表字符串用于他们的项目/提交时，他们需要通过选中一个框来接受他们被授权使用该图表字符串的责任。 一旦检查，我们假设他们被授权使用这个资金来源。 PI、实验室经理或财务人员有责任跟踪费用。

IGI 将在每个月底从您的账户中转出资金。 联邦资助的工作不允许预先计费。 如果您的资金即将到期并需要紧急计费，请在提交您的工作之前告知我们。

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