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面向 IGI 研究人员和合作者的测序服务
IGI 下一代测序核心 (NGS Core) 是创新基因组学研究所转化基因组学中心、IGI 临床实验室和 IGI 研究人员的联合倡议。
NGS 核心旨在通过为 IGI 成员提供快速、最先进、具有成本效益的内部测序服务来推进基因组工程创新。
我们提供越来越多的服务，从文库构建到测序，再到完整的实验设计和支持。 构成 NGS Core 基础的测序仪包括两个 Illumina MiSeq、一个 Illumina iSeq 和我们最高容量的机器，一个 Illumina NextSeq2000。 这些工具共同为 IGI 成员提供了一系列灵活的选项，并使 NGS 核心能够同时支持广泛的应用程序和项目。
无论您是想对自己生成的文库进行测序，还是要协助创建文库，我们都可以提供帮助。 我们的目标是以经济的充电率实现高通量测序，作为对您实验室的内部服务。
我们了解并非所有研究都是一样的，因此我们开发了一系列 NGS 服务来涵盖 IGI 当前 NGS 需求的范围，并为根据您的研究需求量身定制的定制实验提供咨询服务。
我们在这里倾听并创造解决方案。
为了支持您的研究，我们目前提供以下服务：
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部分扩增子文库制备和测序: PCR2 + 磁珠清理 + QC + 测序
部分扩增子测序可以定制； 您可以根据您的测序需求（测序深度和长度）与其他用户共享运行（并分担成本），或者您可以在单个泳道上运行您的样品。 |
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完整的扩增子文库制备和测序: PCR1 + PCR2 + 磁珠清理 + QC + 测序
测序可以定制； 您可以根据您的测序需求（测序深度和长度）与其他用户共享运行（并分担成本），或者您可以在单个泳道上运行您的样品。 请注意：此服务目前仅适用于 IGI 的 Clin1 项目。 |
如果您只需要在 NGS Core 的一个测序仪上的单个泳道上运行测序：
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我们很高兴与您会面，讨论您项目的任何方面，包括项目设计、定制文库制备、测序实验和数据分析。
欢迎联系 netrak@berkeley.edu 安排您的咨询。
定价基于成本回收模型，并将根据实验和测序运行要求而有所不同。
每个测序仪运行都可以定制或共享，具体取决于用户的需求，例如读取深度、读取长度、周转时间和该周提交的数量。 如果可以选择共享，用户将以 25% 的增量共享测序价格。
NGS 测序核心的典型费用详述如下。 如需估价，请发送电子邮件至 netrak@berkeley.edu.
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部分扩增子文库制备和测序: PCR2+质控
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完整的扩增子文库制备和测序: PCR1+PCR2+QC（不包括定制引物）
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我们使用各种成功且被广泛采用的工具进行下一代测序。 我们的技术基础设施包括三个 Illumina 测序仪：iSeq100、MiSeq 和 NextSeq2000。
有关哪种测序运行类型最适合您的需求的建议，请联系 netrak@berkeley.edu 安排咨询。
序列 — iSeq 是低通量 Illumina 测序仪之一，可提供多达 4 万次读取。 iSeq 100 为那些希望在专用运行中以快速周转时间运行较小项目的人提供了完美的解决方案。
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套件名称 |
读取长度 |
总阅读量 |
典型运行时间 |
每次运行的 IGI 价格 |
每次运行的外部价格 |
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iSeq 100 i1 Reagent v2/Micro v2（300-Cycle） |
2 x 150 基点 |
4千万 |
20小时 |
$712 |
$1143 |
米序列 — Illumina MiSeq 可实现从 1 万到 25 万个读对的多种输出水平。该仪器支持单端和双端循环，运行时间需要 1-3 天。MiSeq 非常适合小型测序项目，例如小型 基因组 测序和目标扩增子测序项目。
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套件名称 |
读取长度 |
总阅读量 |
典型运行时间 |
IGI 每单位价格 |
每单位的外部价格 |
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MiSeq Kit v2（300 个循环） |
2 x 150 基点 |
15-20百万 |
30hrs |
$1430 |
$2296 |
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MiSeq Kit v3（150 个循环） |
2 x 75 基点 |
40万 |
56小时 |
$1263 |
$2027 |
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MiSeq Kit v3（600 个循环） |
2 x 300 基点 |
20-25百万 |
72hrs |
$2014 |
$3232 |
下一个序列 2000 - Illumina NextSeq 2000 每次运行最多可提供 1.1 亿次读取。 NextSeq 2000 的应用包括单细胞 RNA-seq、全外显子组测序和小型全基因组测序. NextSeq 2000 上的测序最多可能需要 2 天时间。
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套件名称 |
读取长度 |
总阅读量 |
典型运行时间 |
每次运行的 IGI 价格 |
每次运行的外部价格 |
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NextSeq 1000/2000 P1 试剂（300 个循环） |
2 x 150 基点 |
100千万 |
24小时 |
$1672 |
$2684 |
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NextSeq 1000/2000 P2 试剂（300 个循环）v3 |
2 x 150 基点 |
400千万 |
30小时 |
$4208 |
$6754 |
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NextSeq 2000 P3 试剂（300 个循环） |
2 x 150 基点 |
1.1亿 |
40小时 |
$6832 |
$10,966 |
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关于周转时间的说明 测序时间取决于运行类型和循环次数，典型运行时间如上表所示。 样本到达 NGS Core 后，总周转时间包括文库准备、测序队列中的时间和测序运行时间。 排序队列的大小是高度可变的； 因此，对您的样本进行测序的等待时间通常难以预测。 样品提交并到达后，您的样品将进入队列并在与您的运行类型匹配的下一个可用 FULL 运行中运行。 我们尽最大努力为您提供最快的周转时间来支持您的研究项目。 |
我们的全方位服务选项和定制调查设计按每个样本加上咨询小时费率进行准备和排序。 请联系 netrak@berkeley.edu 讨论您的实验设计并获得报价。
为确保成功测序，提交给 NGS 核心的所有样本都必须遵守我们当前的指南。 在此处查找样品制备指南。
欢迎联系 netrak@berkeley.edu 要求进行初步咨询。 请在您的电子邮件中包含以下信息： 1. 你的阿姆; 2.实验室/PI名称； 3. PI 电子邮件。
咨询后，请最多等待 3 个工作日来设置您的个人资料。 注册后，您将收到两封自动电子邮件：
为确保成功测序，提交的所有样本必须遵守以下规定 方针.
印版的存储和运输有特定的要求。 这个 文件 描述了这些要求并提供了关于快递和运输的建议，以确保您的盘子安全到达。
请登录 NGS核心 门户网站。 登录后，主页包含有关您的项目及其状态的信息，以便您跟踪提交进度。
如果您是 PI，您不仅可以查看您提交的项目，还可以查看和跟踪您团队的所有项目。
测序完成后，您将收到一封包含所有详细信息的电子邮件，包括有关下载数据的信息。 你需要一个 Illumina BaseSpace 帐户. 该帐户是免费的，允许您无限期地保存和下载数据。 如果这是您第一次使用 Illumina BaseSpace，请创建一个帐户。
NGS Core 使用 UC Berkeley Recharge 系统。 NGS 核心充值单元仅适用于 IGI 会员，您可以使用图表字符串轻松支付我们的服务费用。
我们的标准服务报价是通过我们的在线订单自动生成的 NGS核心 提交门户。
在订单提交期间，您必须从列表中输入一个有效的图表字符串，用户已被授权使用该图表字符串。 如果您的图表字符串不在列表中，请发送电子邮件 netrak@berkeley.edu （在此电子邮件中复制您的 PI）并提供以下信息：
请注意，当团队成员将任何资金来源/图表字符串用于他们的项目/提交时，他们需要通过选中一个框来接受他们被授权使用该图表字符串的责任。 一旦检查，我们假设他们被授权使用这个资金来源。 PI、实验室经理或财务人员有责任跟踪费用。
IGI 将在每个月底从您的账户中转出资金。 联邦资助的工作不允许预先计费。 如果您的资金即将到期并需要紧急计费，请在提交您的工作之前告知我们。
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咨询、实验设计、报价、合同等咨询 |
Netravathi Krishnapa，理学硕士 |
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IGI NGS 核心总监 |
Petros Giannikopolous，医学博士 |