查看我们详细的 JoVE 协议和随附的视频演练 用于在原代人类 HSPC 和 T 细胞中使用 CRISPR-Cas9 RNP 进行基因组编辑， 秀丽隐杆线虫及 夏威夷鹦鹉.
与 CRISPR-Cas9 基因编辑相关的各种技术的附加协议可在以下网址免费获得 协议.io. 浏览 IGI 生成的协议，包括：

• Cas9蛋白表达与纯化
• 细胞/组织 向导RNA的转录
• Cas9 RNP 核转染
• 基因组 DNA 提取和 PCR
• CRISPRi 和 CRISPRa 库的再扩增

我们使用的协议 CRISPR筛选设施 可以被找寻到 这里。，包括：

• 克隆、测序和重新扩增 gRNA 文库
• 生成表达 Cas9 的稳定细胞系
• 大规模慢病毒生产和转染
• 筛选贴壁和悬浮细胞

还提供更多的协议集合：

CRISPR-Cas：实验室手册. 由 Doudna JA 和 Mali P. 编辑。 冷泉港实验室出版社 （2016）。
包含使用 Cas9 进行基因组操作的各种协议，包括基因组编辑、特定生物体中的故障排除、如何检测编辑、指导 RNA 文库构建以及 CRISPR 抑制或激活筛选。

CRISPR 方法和协议. 由 Lundgren M、Charpentier E 和 Fineran PC 编辑。 分子生物学方法 （2015）。
从遗传、基因组、分子、生化和结构角度研究 CRISPR-Cas 免疫机制的特征协议。

动物基因组编辑. 由畑田 I 编辑。 分子生物学方法 （2017）。
涵盖了编辑许多不同动物（包括昆虫、鱼类和哺乳动物）基因组的方法。

可以通过以下方式获得由 IGI 成员实验室和其他实验室生成的用于 CRISPR 介导的基因组操作的各种质粒和混合向导 RNA 文库 Addgene公司。 我们的 CRISPR筛选设施 还分发某些 gRNA 文库。

可应加州大学伯克利分校细胞培养设施的要求提供已发布的 CRISPR 干扰、激活或敲除细胞系。 浏览可用线路 这里。 并联系 Alison Killilea 了解更多信息：ankillilea (at) berkeley.edu。

*您可能希望使用专为要编辑的生物体设计的工具。*

“如何为 Cas9 敲除制作引导 RNA”教程 （IGI）

劈斩 （卑尔根大学和哈佛医学院）

CRISPR RGEN 套件 （韩国基础科学研究所；首尔国立大学；汉阳大学）
包含用于识别潜在脱靶位点 (Cas-OFFinder) 和微同源区域 (Microhomology-Predictor) 的工具，以及包含这些参数的引导 RNA 设计工具 (Cas-Designer)。

电子脆片 (DKFZ)

sgRNA 设计器 (克里斯科 & 克里斯拉/我) （广阔）
这两种工具都适用于 S. 化脓性 和 S. 金黄色葡萄球菌 Cas9（相应的 PAM： 天然气发电厂 和 神经资源记录器); 用 Doench 切削频率测定 (CFD) 分数 评估脱靶。

克里斯波 (特福)
设计用于 gRNA 克隆、表达和验证基因组编辑的 gRNA 和配套引物。 显示多个特异性分数，包括 多恩奇 和 莫雷诺-马特奥斯.

CRISPR-P （华中农业大学）
设计用于植物基因组编辑的 gRNA。 从对应于多个 Cas9/Cas12 变体和直向同源物的 PAM 中进行选择。

首要设计 （哈佛/MGH/Broad）
为主要编辑实验设计主要编辑指南 RNA (pegRNAs) 和切口 sgRNAs (ngRNAs)。 还包括 主变量，用于纠正数千种不同致病性人类突变的候选 pegRNA/ngRNA 对数据库。

cld（CRISPR 库设计器） （安大略癌症研究所）
设计多物种 sgRNA 文库。

克里斯波批次 (特福)
为人类或小鼠细胞中的慢病毒基因敲除筛选设计 gRNA。

CRISPRia设计脚本 （UCSF）
提供基本的 sgRNA 机器学习脚本，用于从 Jonathan Weissman 的实验室生成下一代 CRISPRi 和 CRISPRa 库。

CRISPRi/a 细胞系生产入门 （UCSF）
Weissman 实验室关于如何生成和验证稳定表达的 CRISPRi 和 CRISPRa 细胞系的便捷指南。

汇集的 Sanger 测序数据

潮汐与潮汐 （桌面遗传学；荷兰癌症研究所）
分析来自细胞池的 Sanger 测序痕迹，以量化切割位点 (TIDE) 或模板化突变 (TIDER) 周围的 indel 谱。

NGS数据

Cas分析器 （韩国基础科学研究所；首尔国立大学；汉阳大学）
提供基于 JavaScript 的基因组编辑 NGS 数据即时评估。

克里斯普雷索 （麻省总医院和哈佛）
分析深度测序数据以确定使用 Cas9、Cas12、碱基编辑器、主要编辑器等编辑基因组后的结果。

CRISPR屏幕数据

拼车 （安大略癌症研究所）
分析来自汇总 CRISPR 屏幕的原始 NGS 数据。

MAGeCK（全基因组 CRISPR/Cas9 敲除的基于模型的分析） （丹娜法伯和哈佛）
分析来自全基因组 CRISPR 敲除屏幕的数据。

丝网加工 （UCSF）
分析来自汇集 CRISPR 屏幕的测序数据。

CRISPR分析仪 (DKFZ)
用于汇集 CRISPR-Cas9 屏幕的用户友好、基于 Web 的分析套件。

第三波分析
自 2020 年推出 COVID 测试以来，IGI 临床实验室一直依赖 Third Wave Analytics 的 LIMS，并继续将其用于其他应用 临床干预基因组学中心.

CRISPRCasdb, CRISPRCas查找器和其他 CRISPR-Cas++ 工具（巴黎萨克雷大学）
找到最适合您的地方 CAS 来自分析基因组数据库 (db) 或用户上传序列 (Finder) 的感兴趣原核物种中的基因 CRISPR 阵列。

Bondy-Denomy 实验室的抗 CRISPR 列表 （UCSF）
该表包括所有已发表的抗 CRISPR，包括它们的名称、氨基酸序列、它们抑制的 CRISPR 系统以及其他详细信息。

基因组CRISPR (DKFZ)
该数据库汇集了 CRISPR-Cas9 高通量筛选研究的结果，其中包含来自 421 个人类细胞系中超过 XNUMX 万个向导 RNA 的数据。

临床变量 （NIH）
人类基因组变异和已知健康后果的可搜索数据库。

ClinicalTrials.gov （NIH）
在世界各地进行的临床研究的可搜索数据库。 例如，在“其他术语”字段中输入“CRISPR”，然后单击“搜索”以查看当前所有涉及 CRISPR 技术的临床试验。

Addgene 的 CRISPR 资源列表