这篇文章是一个新的、正在进行的系列中的第一篇:什么是巨大的挑战 CRISPR基于技术,到目前为止我们取得了哪些进展,以及在不久的将来我们可以期待什么? 我会不定期地在这个系列中发帖,所以请继续关注你最喜欢的话题。 这些帖子并不是要贬低迄今为止在这些不同子领域取得的任何惊人进步,而是要展望即将到来的所有美好事物。 我敢肯定,这些问题在这些领域的工作人员心中是最重要的,这一系列的帖子旨在让普通读者快速了解将要发生的事情。
首先是 CRISPR 成像,其中 CAS号 蛋白质 用于可视化一些 细胞的 固定或活细胞中的组分。 这是一个非常令人兴奋的领域。 3C/4C/Hi-C/XYZ-C 技术可以深入了解在给定时间点在大量细胞上平均的两个位点的接近度。 但是在每个单独的细胞中会发生什么呢? 还是实时? 我们已经知道位置很重要,但我们只是在什么、什么时候、如何或为什么上触及皮毛。
CRISPR 成像开始时 Stanley Qi 和 Bo Huang 将 GFP 融合到催化灭活的 dCas9 观察活细胞中的端粒。 从那以后,我们看到了类似的方法(荧光蛋白或染料通过 Cas9) 和很多创造力用来 多路复用多达三种颜色. 那里还有很多,但我想专注于未来……
在不久的将来,活细胞 CRISPR 成像的主要挑战是什么?
灵敏度
大多数 CRISPR 成像技术都存在信噪比问题。 当细胞核周围漂浮着如此多的 Cas9 分子时,到目前为止还不可能看到荧光 Cas9 结合单个拷贝位点。 到目前为止,成像已经通过靶向重复序列(将多个荧光 Cas9 放在一个位置)或将多个荧光团募集到一个 Cas9 来将信号转为噪声。 即便如此,大多数 CRISPR 成像系统仍依赖于泄漏 表达 来自未诱导的诱导型启动子,以保持 Cas9 拷贝数与重复基因座相同。 Halo-Cas9 的单分子成像已在活细胞中完成,但再次只在重复。 甚至 固定细胞成像在非重复基因座上存在问题. 灵敏度也是 RCas9 成像的问题—— 这项创新使研究人员能够使用针对特定 RNA 的 Cas9 来跟踪转录本 在活细胞中。 但主要是用高表达(如 GAPDH)或高浓度(如应力颗粒)进行探索 核糖核酸. 我们如何跟踪单个拷贝位点,或者理想情况下同时跟踪多个位点,以了解核组织如何随时间变化?
有人要破解敏感问题,让人们观看 基因组 实时定位活细胞中的位点。 我们会了解基因间变异如何改变细胞核组织以诱发疾病吗? 我们会在开发过程中看到非编码 RNA 与目标 mRNA 相互作用吗? 有了这么大的应用程序,我知道很多人都在解决这个问题,我相信很快就会有一些重大的进展。