Ampliación de enfoques genéticos en modelos de células madre
La piedra angular del laboratorio ATG es un sistema automatizado de cultivo de tejidos (ATTIS) que permite proyectos de edición del genoma a escala para generar hPSC isogénicas que portan mutaciones de diseño. ATTIS es operado por un equipo de biólogos moleculares expertos e ingenieros de automatización que agiliza la generación y el análisis de las hPSC editadas genéticamente, lo que permite un proceso de edición y cultivo celular que presenta un rendimiento entre 20 y 50 veces mayor que el actualmente accesible en experimentos de edición de hPSC realizados manualmente..
El ATTIS en acción en el laboratorio ATG del Innovative Genomics Institute
El laboratorio ATG ahora está solicitando propuestas de equipos de investigación centrados en células madre para proyectos colaborativos que avanzarían en el modelado de enfermedades basadas en células madre en el Innovative Genomics Institute (IGI), UC Berkeley e instituciones y comunidades del área metropolitana de la Bahía.
Todos los proyectos con ATG son colaboraciones científicas. Trabajaremos junto con el equipo del solicitante en el diseño experimental, adaptación del flujo de trabajo, manejo de materiales y datos y elaboración de presupuestos. ATG cubrirá los costos operativos para completar con éxito el proyecto. Los solicitantes serán responsables de los costos de reactivos y consumibles. El objetivo del equipo de ATG es colaborar en publicaciones conjuntas y protección de los avances tecnológicos y científicos permitidos por el ATG mediante solicitudes de patentes conjuntas, según corresponda. Siempre que sea posible, prevemos publicar en revistas de código abierto y poner líneas celulares a disposición de la comunidad de investigación lo antes posible después de su generación.
Todas las propuestas serán revisadas por un comité de revisión multidisciplinario y evaluadas en función de la compatibilidad y disponibilidad de ATTIS y el equipo ATG, y la alineación general con la misión del IGI de mejorar la salud humana. Se requiere experiencia previa en el manejo de células madre pluripotentes humanas (células madre pluripotentes inducidas o células madre embrionarias humanas). Los proyectos se realizan como colaboración y los laboratorios deben poder mantener adecuadamente las hPSC devueltas, procesar el material genético y analizar los datos genéticos según se ajusten a la colaboración acordada.
Cuando la capacidad del sistema lo permita, tendremos una convocatoria abierta dos veces al año para apoyar proyectos de pequeña escala que requieran hPSC editados individualmente. Esperamos facilitar una adaptación más amplia de los modelos de hPSC en la investigación de enfermedades humanas y servir a nuestra comunidad local de células madre.
Durante el período de recolección del proyecto (marzo y septiembre cuando la capacidad lo permita), los colaboradores pueden enviar las mutaciones (como máximo 2 por laboratorio) que quieran tener como hPSC isogénicas.. El equipo de ATG se encargará de todo el proceso de edición del genoma, incluido el diseño de estrategias de edición, cultivo de tejidos y genotipado. Cubriremos el costo operativo mientras que el costo de los reactivos dependerá de los laboratorios colaboradores.
Li H, Bartke R, Zhao L, Verma Y, Horacek A, Ben-Natan AR, Pangilinan GR, Krishnappa N, Nielsen R y Hockemeyer D. Naturaleza Ingeniería Biomédica
(2023)Li H, Busquets O, Verma Y, Syed KM, Kutnowski N, Pangilinan GR, Gilbert LA, Bateup HS, Rio DC, Hockemeyer D y Soldner F. ELIFE
(2022)Estudiantes e investigadores interesados en trabajar con biología molecular, bioautomatización y bioinformática dentro del laboratorio ATG, comuníquese con atg_igi@berkeley.edu.
El Laboratorio ATG es una unidad central del Centro IGI de Genómica Traslacional.
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