
Servicios de secuenciación para investigadores y colaboradores de IGI
El IGI Next Generation Sequencing Core (NGS Core) es una iniciativa conjunta del Centro de Genómica Traslacional del Instituto de Genómica Innovadora, el Laboratorio Clínico de IGI y los Investigadores de IGI.
El NGS Core se estableció para avanzar en las innovaciones de ingeniería del genoma al proporcionar servicios de secuenciación internos rápidos, de vanguardia y rentables para los miembros de IGI.
Ofrecemos una gama cada vez mayor de servicios, desde la construcción de bibliotecas hasta la secuenciación y el diseño y el apoyo experimentales completos. Los secuenciadores que componen la base del NGS Core incluyen dos Illumina MiSeq, un Illumina iSeq y nuestra máquina de mayor capacidad, un Illumina NextSeq2000. Juntos, estos instrumentos brindan a los miembros de IGI una gama flexible de opciones y permiten que NGS Core admita una amplia gama de aplicaciones y proyectos simultáneamente.
Ya sea que desee secuenciar una biblioteca que generó usted mismo o asistencia para crear la biblioteca, podemos ayudarlo. Nuestro objetivo es permitir una secuenciación de alto rendimiento a tasas de recarga económicas como un servicio interno para su laboratorio.
Entendemos que no todas las investigaciones son iguales, por lo que hemos desarrollado una gama de servicios NGS para cubrir el espectro de las necesidades actuales de NGS del IGI, además de ofrecer servicios de consultoría para experimentos personalizados adaptados a sus necesidades de investigación.
Estamos aquí para escuchar y crear soluciones.
Para respaldar su investigación, actualmente ofrecemos lo siguiente:
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Preparación y secuenciación parcial de la biblioteca de amplicones: PCR2 + Limpieza de microesferas + QC + Secuenciación
La secuenciación parcial de amplicones se puede personalizar; puede compartir la ejecución con otros usuarios (y compartir el costo) según sus necesidades de secuenciación (profundidad y longitud de secuenciación), o puede ejecutar sus muestras en un solo carril. |
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Preparación y secuenciación completa de la biblioteca de amplicones: PCR1 + PCR2 + Limpieza de microesferas + QC + Secuenciación
La secuenciación puede hacerse a medida; puede compartir la ejecución con otros usuarios (y compartir el costo) según sus necesidades de secuenciación (profundidad y longitud de secuenciación), o puede ejecutar sus muestras en un solo carril. Tenga en cuenta: este servicio actualmente solo está disponible para los proyectos Clin1 del IGI. |
Si solo necesita una ejecución de secuenciación en un solo carril en uno de los secuenciadores en NGS Core:
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Estaremos encantados de reunirnos con usted para analizar cualquier aspecto de su proyecto, incluido el diseño del proyecto, la preparación de bibliotecas personalizadas, los experimentos de secuenciación y el análisis de datos.
Por favor, póngase en contacto con netrak@berkeley.edu para programar su consulta.
El laboratorio clínico realiza virales secuenciación de muestras de diagnóstico positivas para SARS-CoV-2 utilizando la tecnología COVIDSeq de Illumina para asignar variantes virales, informar variantes a los Departamentos de Salud Pública locales y contribuir a la genómico Esfuerzo de vigilancia que detecta la propagación y desarrollo de nuevas variantes.
El Laboratorio Clínico está buscando la validación de esta prueba como prueba de diagnóstico para permitir la presentación de información variante a médicos y pacientes.
Si está interesado en este servicio, comuníquese con csherry@berkeley.edu para obtener más información.
El precio se basa en un modelo de recuperación de costos y variará según los requisitos del experimento y la secuenciación.
Cada ejecución del secuenciador se puede personalizar o compartir, según las necesidades del usuario, como la profundidad de lectura, la duración de la lectura, el tiempo de respuesta y la cantidad de envíos para esa semana. Los usuarios compartirán los precios de secuenciación en incrementos del 25% si compartir es una opción.
Los cargos típicos del NGS Sequencing Core se detallan a continuación. Para un presupuesto, por favor envíe un correo electrónico netrak@berkeley.edu.
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Preparación y secuenciación parcial de la biblioteca de amplicones: PCR2 + QC
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Preparación y secuenciación completa de la biblioteca de amplicones: PCR1+PCR2+QC (excluyendo cebadores personalizados)
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Utilizamos una variedad de herramientas exitosas y ampliamente adoptadas para realizar la secuenciación de próxima generación. Nuestra infraestructura técnica incluye tres secuenciadores Illumina: iSeq100, MiSeq y NextSeq2000.
Para obtener recomendaciones sobre qué tipo de ejecución de secuenciación se adapta mejor a sus necesidades, comuníquese con netrak@berkeley.edu para concertar una consulta.
iSeq — El iSeq es uno de los secuenciadores de Illumina de bajo rendimiento que ofrece hasta 4 millones de lecturas. El iSeq 100 ofrece la solución perfecta para aquellos que desean ejecutar proyectos más pequeños en una ejecución dedicada con tiempos de respuesta rápidos.
NOMBRE DEL KIT |
LEER LONGITUD |
LECTURAS TOTALES |
TIEMPOS DE FUNCIONAMIENTO TÍPICOS |
PRECIO IGI POR EJECUCIÓN |
PRECIO EXTERNO POR TRAYECTO |
Reactivo iSeq 100 i1 v2/Micro v2 (300 ciclos) |
2 x 150 pb |
4 millones de |
20 hrs |
$712 |
$1143 |
MiSeq — Illumina MiSeq permite diversos niveles de salida que van desde 1 millón a 25 millones de pares de lectura. El instrumento admite ciclos de extremo único y de extremo emparejado que requieren de 1 a 3 días de tiempo de funcionamiento. MiSeq es ideal para proyectos de secuenciación pequeños, como secuenciación de genomas pequeños y proyectos de secuenciación de amplicones objetivo.
NOMBRE DEL KIT |
LEER LONGITUD |
LECTURAS TOTALES |
TIEMPOS DE FUNCIONAMIENTO TÍPICOS |
PRECIO IGI POR UNIDAD |
PRECIO EXTERNO POR UNIDAD |
Kit MiSeq v2 (300 ciclos) |
2 x 150 pb |
15-20 millones |
30hrs |
$1430 |
$2296 |
Kit MiSeq v3 (150 ciclos) |
2 x 75 pb |
40 millones |
56 hrs |
$1263 |
$2027 |
Kit MiSeq v3 (600 ciclos) |
2 x 300 pb |
20-25 millones |
72hrs |
$2014 |
$3232 |
SiguienteSeq 2000 - Illumina NextSeq 2000 proporciona hasta 1.1 millones de lecturas por ejecución. Las aplicaciones para NextSeq 2000 incluyencélula moléculas de ARN-seq, secuenciación del exoma completo y secuenciación pequeña del genoma completo. La secuenciación en NextSeq 2000 puede tardar hasta 2 días.
NOMBRE DEL KIT |
LEER LONGITUD |
LECTURAS TOTALES |
TIEMPOS DE FUNCIONAMIENTO TÍPICOS |
PRECIO IGI POR EJECUCIÓN |
PRECIO EXTERNO POR TRAYECTO |
Reactivos NextSeq 1000/2000 P1 (300 ciclos) |
2 x 150 pb |
100 millones de |
24 horas |
$1672 |
$2684 |
Reactivos NextSeq 1000/2000 P2 (300 ciclos) v3 |
2 x 150 pb |
400 millones de |
30 horas |
$4208 |
$6754 |
Reactivos NextSeq 2000 P3 (300 ciclos) |
2 x 150 pb |
1.1 mil millones |
40 horas |
$6832 |
$10,966 |
Una nota sobre el tiempo de respuesta El tiempo de secuenciación depende del tipo de ejecución y el número de ciclos, y los tiempos de ejecución típicos se muestran en las tablas anteriores. Una vez que las muestras llegan al NGS Core, el tiempo de respuesta total incluye la preparación de la biblioteca, el tiempo en la cola de secuenciación y el tiempo de ejecución de secuenciación. El tamaño de la cola de secuenciación es muy variable; por lo tanto, el tiempo de espera para secuenciar su muestra suele ser difícil de predecir. Tras el envío Y la llegada de la muestra, sus muestras se ingresan en una cola y se ejecutan en la próxima ejecución COMPLETA disponible que coincida con su tipo de ejecución. Hacemos todo lo posible para brindarle el tiempo de respuesta más rápido para respaldar su proyecto de investigación. |
Nuestras opciones de servicio completo y el diseño de investigación personalizado se preparan y secuencian a una tarifa por hora por muestra más consulta. Por favor contactar netrak@berkeley.edu para discutir el diseño de su experimento y obtener una cotización.
Para garantizar una secuenciación exitosa, todas las muestras enviadas al NGS Core deben cumplir con nuestras pautas actuales. Encuentre las pautas de preparación de muestras aquí.
Por favor, póngase en contacto con netrak@berkeley.edu para solicitar una consulta inicial. Incluya la siguiente información en su correo electrónico: 1. Tu name; 2. Nombre del laboratorio / PI; 3. Correo electrónico de PI.
Después de su consulta, espere hasta 3 días hábiles para que se configure su perfil. Una vez que esté registrado, recibirá dos correos electrónicos automáticos:
Para asegurar una secuenciación exitosa, todas las muestras enviadas deben cumplir con lo siguiente orientaciones.
Inicie sesión en el Núcleo de NGS portal e ingrese su nombre de usuario y contraseña.
Mire el video de nuestro portal para obtener instrucciones detalladas sobre cómo enviar su proyecto y ver las actualizaciones del estado del proyecto.
También puede encontrar instrucciones paso a paso del portal aquí: Instrucciones del portal principal de NGS.
Existen requisitos específicos para el almacenamiento y transporte de sus placas. Esta documento describe estos requisitos y ofrece recomendaciones de mensajería y envío para garantizar que sus placas lleguen de manera segura.
Inicie sesión en el Núcleo de NGS portal. Una vez que haya iniciado sesión, la página de inicio contiene información sobre sus proyectos y su estado para que pueda realizar un seguimiento del progreso de su envío.
Si es un PI, no solo puede ver los proyectos que ha enviado, sino que también puede ver y realizar un seguimiento de todos los proyectos de su equipo.
Cuando se complete la secuenciación, recibirá un correo electrónico con todos los detalles, incluida información sobre la descarga de datos. Necesitarás un Cuenta Illumina BaseSpace. Esta cuenta es gratuita y le permite guardar y descargar los datos de forma indefinida. Cree una cuenta si es la primera vez que utiliza Illumina BaseSpace.
El NGS Core utiliza el sistema de recarga de UC Berkeley. La unidad NGS Core Recharge solo está disponible para miembros de IGI y le permite usar sus chartstrings para pagar nuestros servicios fácilmente.
Las cotizaciones para nuestros servicios estándar se generan automáticamente para los pedidos a través de nuestra línea Núcleo de NGS portal de presentación.
Durante el envío del pedido, debe ingresar una cadena de gráficos válida de la lista, que el usuario ha sido autorizado a usar. Si su chartstring no está en la lista, envíe un correo electrónico netrak@berkeley.edu (copie su PI en este correo electrónico) con la siguiente información:
Tenga en cuenta que cuando los miembros del equipo utilizan cualquier fuente de financiación/gráfico para sus proyectos/presentaciones, deben aceptar la responsabilidad de que están autorizados a utilizar ese gráfico marcando una casilla. Una vez verificados, asumimos que están autorizados a utilizar esta fuente de financiación. Es responsabilidad del IP, el gerente del laboratorio o el personal de finanzas hacer un seguimiento de los cargos.
El IGI transferirá fondos de su cuenta al final de cada mes. No se permite la prefacturación para trabajos financiados con fondos federales. Si sus fondos están por vencer y necesita una facturación urgente, infórmenos antes de enviar su trabajo.
Consultoría, diseño experimental, cotizaciones, contratos y otras consultas. |
Netravathi Krishnappa, M.Sc. Gerente de operaciones centrales de NGS |
Secuenciación del SARS-CoV-2 |
Carolyn Sherry, Maestría en Administración de Empresas Jefe de proyecto |
Director de IGI NGS Core |
Dr. Petros Giannikopolous Director de IGI NGS Core |