Resumen

El IGI Next Generation Sequencing Core (NGS Core) es una iniciativa conjunta del Centro de Genómica Traslacional del Instituto de Genómica Innovadora, el Laboratorio Clínico de IGI y los Investigadores de IGI.

El NGS Core se estableció para avanzar en las innovaciones de ingeniería del genoma al proporcionar servicios de secuenciación internos rápidos, de vanguardia y rentables para los miembros de IGI.

Ofrecemos una gama cada vez mayor de servicios, desde la construcción de bibliotecas hasta la secuenciación y el diseño y el apoyo experimentales completos. Los secuenciadores que componen la base del NGS Core incluyen dos Illumina MiSeq, un Illumina iSeq y nuestra máquina de mayor capacidad, un Illumina NextSeq2000. Juntos, estos instrumentos brindan a los miembros de IGI una gama flexible de opciones y permiten que NGS Core admita una amplia gama de aplicaciones y proyectos simultáneamente.

Servicios principales de NGS

Secuenciación de la investigación

Ya sea que desee secuenciar una biblioteca que generó usted mismo o asistencia para crear la biblioteca, podemos ayudarlo. Nuestro objetivo es permitir una secuenciación de alto rendimiento a tasas de recarga económicas como un servicio interno para su laboratorio.

Entendemos que no todas las investigaciones son iguales, por lo que hemos desarrollado una gama de servicios NGS para cubrir el espectro de las necesidades actuales de NGS del IGI, además de ofrecer servicios de consultoría para experimentos personalizados adaptados a sus necesidades de investigación.

Estamos aquí para escuchar y crear soluciones. 

1. ENSAYOS NGS DE EDICIÓN DE GEN CELULAR

Para respaldar su investigación, actualmente ofrecemos lo siguiente:

Preparación y secuenciación parcial de la biblioteca de amplicones: PCR2 + Limpieza de microesferas + QC + Secuenciación  Tú diseñar los cebadores para PCR1 (junto con los stubs, consulte este documento para obtener más detalles) y envíe bibliotecas limpias y cuantificadas (nanodrop / qubit / picogreen) posteriores a PCR1 + BeadClean.  We aceptar bibliotecas post PCR1 y purificadas. Luego, preparamos el resto de la preparación de la biblioteca, incluida la indexación de PCR, BeadClean y QC (Qubit, Fragment Analyzer y qPCR), y la secuencia.  La secuenciación parcial de amplicones se puede personalizar; puede compartir la ejecución con otros usuarios (y compartir el costo) según sus necesidades de secuenciación (profundidad y longitud de secuenciación), o puede ejecutar sus muestras en un solo carril.

Preparación y secuenciación completa de la biblioteca de amplicones: PCR1 + PCR2 + Limpieza de microesferas + QC + Secuenciación Tú enviar cuantificado ADN muestras. Podemos ayudarlo a diseñar sus imprimaciones que envía junto con sus muestras. We prepare la preparación completa de la biblioteca de amplicones (PCR1 + PCR2 + BeadClean), QC (Qubit, análisis de trazas y qPCR) y secuenciación. La secuenciación puede hacerse a medida; puede compartir la ejecución con otros usuarios (y compartir el costo) según sus necesidades de secuenciación (profundidad y longitud de secuenciación), o puede ejecutar sus muestras en un solo carril. Tenga en cuenta: este servicio actualmente solo está disponible para los proyectos Clin1 del IGI.

2. SOLO SECUENCIAR

Si solo necesita una ejecución de secuenciación en un solo carril en uno de los secuenciadores en NGS Core:

¿NECESITA MÁS OPCIONES DE INVESTIGACIÓN DE NGS? 

Estaremos encantados de reunirnos con usted para analizar cualquier aspecto de su proyecto, incluido el diseño del proyecto, la preparación de bibliotecas personalizadas, los experimentos de secuenciación y el análisis de datos.

Por favor, póngase en contacto con netrak@berkeley.edu para programar su consulta.

Secuenciación del SARS-CoV-2

El laboratorio clínico realiza virales secuenciación de muestras de diagnóstico positivas para SARS-CoV-2 utilizando la tecnología COVIDSeq de Illumina para asignar variantes virales, informar variantes a los Departamentos de Salud Pública locales y contribuir a la genómico Esfuerzo de vigilancia que detecta la propagación y desarrollo de nuevas variantes.

El Laboratorio Clínico está buscando la validación de esta prueba como prueba de diagnóstico para permitir la presentación de información variante a médicos y pacientes. 

Si está interesado en este servicio, comuníquese con csherry@berkeley.edu para obtener más información.

Precios

El precio se basa en un modelo de recuperación de costos y variará según los requisitos del experimento y la secuenciación. 

Cada ejecución del secuenciador se puede personalizar o compartir, según las necesidades del usuario, como la profundidad de lectura, la duración de la lectura, el tiempo de respuesta y la cantidad de envíos para esa semana. Los usuarios compartirán los precios de secuenciación en incrementos del 25% si compartir es una opción.

Los cargos típicos del NGS Sequencing Core se detallan a continuación. Para un presupuesto, por favor envíe un correo electrónico netrak@berkeley.edu.

CONSULTA/PREPARACIÓN DE DISEÑO PERSONALIZADO

• Precio IGI: $ 67 por hora
• Precio externo: $ 108 por hora
  

COSTOS DE PREPARACIÓN DE LA BIBLIOTECA AMPLICON

	Preparación y secuenciación parcial de la biblioteca de amplicones: PCR2 + QC Precio IGI: $ 14 por muestra Precio externo: $ 22 por muestra
	Preparación y secuenciación completa de la biblioteca de amplicones: PCR1+PCR2+QC (excluyendo cebadores personalizados) Precio IGI: $ 18 por muestra Precio externo: $ 30 por muestra

OPCIONES Y COSTOS DE LA EJECUCIÓN DE NGS

Utilizamos una variedad de herramientas exitosas y ampliamente adoptadas para realizar la secuenciación de próxima generación. Nuestra infraestructura técnica incluye tres secuenciadores Illumina: iSeq100, MiSeq y NextSeq2000. 

Para obtener recomendaciones sobre qué tipo de ejecución de secuenciación se adapta mejor a sus necesidades, comuníquese con netrak@berkeley.edu para concertar una consulta.

iSeq — El iSeq es uno de los secuenciadores de Illumina de bajo rendimiento que ofrece hasta 4 millones de lecturas. El iSeq 100 ofrece la solución perfecta para aquellos que desean ejecutar proyectos más pequeños en una ejecución dedicada con tiempos de respuesta rápidos.

MiSeq — Illumina MiSeq permite diversos niveles de salida que van desde 1 millón a 25 millones de pares de lectura. El instrumento admite ciclos de extremo único y de extremo emparejado que requieren de 1 a 3 días de tiempo de funcionamiento. MiSeq es ideal para proyectos de secuenciación pequeños, como secuenciación de genomas pequeños y proyectos de secuenciación de amplicones objetivo.

SiguienteSeq 2000 - Illumina NextSeq 2000 proporciona hasta 1.1 millones de lecturas por ejecución. Las aplicaciones para NextSeq 2000 incluyen(NGF por sus siglas en inglés), moléculas de ARN-seq, secuenciación del exoma completo y secuenciación pequeña del genoma completo. La secuenciación en NextSeq 2000 puede tardar hasta 2 días.

DISEÑO DE INVESTIGACIÓN Y PREPARACIÓN DE BIBLIOTECA DE SERVICIO COMPLETO

Nuestras opciones de servicio completo y el diseño de investigación personalizado se preparan y secuencian a una tarifa por hora por muestra más consulta. Por favor contactar netrak@berkeley.edu para discutir el diseño de su experimento y obtener una cotización.

Preparación de la muestra

Para garantizar una secuenciación exitosa, todas las muestras enviadas al NGS Core deben cumplir con nuestras pautas actuales. Encuentre las pautas de preparación de muestras aquí.

Órdenes

Facturación y facturación

El NGS Core utiliza el sistema de recarga de UC Berkeley. La unidad NGS Core Recharge solo está disponible para miembros de IGI y le permite usar sus chartstrings para pagar nuestros servicios fácilmente.

Las cotizaciones para nuestros servicios estándar se generan automáticamente para los pedidos a través de nuestra línea Núcleo de NGS portal de presentación. 

Durante el envío del pedido, debe ingresar una cadena de gráficos válida de la lista, que el usuario ha sido autorizado a usar. Si su chartstring no está en la lista, envíe un correo electrónico netrak@berkeley.edu (copie su PI en este correo electrónico) con la siguiente información:

• Unidad
• Código de fondo
• Organización/Departamento
• Programa
• Campo gráfico 1
• Campo gráfico 2
• Fecha de finalización de la fuente de financiación
• Miembros autorizados a utilizar los fondos

Tenga en cuenta que cuando los miembros del equipo utilizan cualquier fuente de financiación/gráfico para sus proyectos/presentaciones, deben aceptar la responsabilidad de que están autorizados a utilizar ese gráfico marcando una casilla. Una vez verificados, asumimos que están autorizados a utilizar esta fuente de financiación. Es responsabilidad del IP, el gerente del laboratorio o el personal de finanzas hacer un seguimiento de los cargos.

El IGI transferirá fondos de su cuenta al final de cada mes. No se permite la prefacturación para trabajos financiados con fondos federales. Si sus fondos están por vencer y necesita una facturación urgente, infórmenos antes de enviar su trabajo.

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