Eventos
Seminario Liana Lareau: Dando voz a mutaciones silenciosas
La elección del codón sinónimo puede tener efectos dramáticos en la velocidad del ribosoma, moléculas de ARN estabilidad, y proteína expresión. Los experimentos de elaboración de perfiles de ribosomas han subrayado que los ribosomas no se mueven uniformemente a lo largo de los ARNm, lo que expone la necesidad de modelos de traducción que capturan la gama completa de variación observada empíricamente. A partir de datos empíricos de la elaboración de perfiles de ribosomas, modelamos la variación en el alargamiento de la traducción utilizando una red neuronal de retroalimentación para predecir la distribución de los ribosomas a lo largo de un ARNm en función de su secuencia. Aplicamos nuestro modelo para diseñar variantes sinónimas de una proteína fluorescente en levadura y llegamos a la conclusión de que el control del alargamiento de la traducción solo es suficiente para producir grandes diferencias cuantitativas en la producción de proteínas. Esto nos proporciona un método empírico para aprender las preferencias de codones y aplicar ese conocimiento al diseño de secuencias sintéticas. También abre un camino para medir el impacto de los llamados mutaciones en humanos los genes: sustituciones sinónimos que ahora nos damos cuenta que podrían afectar la expresión de proteínas sin cambiar la aminoácidos secuencia.
Dando voz a mutaciones silenciosas:
Modelos de aprendizaje automático de decodificación de ribosomas
Profesor asistente, Departamento de Bioingeniería
Universidad de California, Berkeley
Nos esforzamos para que nuestros eventos sean accesibles e inclusivos. El edificio del Instituto de Genómica Innovadora cumple con la ley ADA y tiene una sala de lactancia que los visitantes pueden usar. Para obtener información sobre adaptaciones para discapacitados y/o acceso a la sala de lactancia, comuníquese con el organizador del evento o envíe un correo electrónico igi-info@berkeley.edu.