以自己选择的方式操纵基因组的能力能够实现科学突破、新的生物合成能力和新药物。 所有生物体都具有未知功能的基因和区域，移除和/或替换这些基因和区域将允许对其功能进行询问。 CRISPR-Cas 技术提供了可编程基因编辑工具，彻底改变了研究。 这 领先的 CRISPR-Cas9 和 Cas12a 酶是程序化基因操作的理想选择，但它们在基因组规模干预方面受到限制. 在这里，我们建议利用 Cas3 酶，该酶天然具有偶联的核酸酶和解旋酶活性，并且能够删除 >250 kb，用于基因组工程目的。 我们将利用 Cas3 实现对整个基因、操纵子、岛、原病毒和重复元件的去除和实验询问 集体. CRISPR-Cas3 系统易于编程，在测序的基因组中具有广泛的多样性，并且自然存在于许多微生物中。 如果成功，CRISPR-Cas3 技术的大规模实施有可能大大增强多种合成生物学应用，并为分析基因组暗物质提供一种新工具。