阮实验室

阮实验室

解决原发性免疫缺陷

阮实验室, 由 P​​I 领导 大卫阮, 位于 转化基因组学中心 在创新 基因组学 加州大学伯克利分校校园内的研究所。 

我们的研究兴趣集中在人类免疫学、传染病、人类 基因组 工程,和 基因治疗.我们的目标是利用最新技术 基因 编辑以了解突变如何导致人类免疫系统疾病,并推进基因矫正疗法来治疗原发性免疫缺陷 (PID) 患者。

背景

每年有成千上万的患者患上危及生命的感染、严重的自身免疫性疾病或其他先天性免疫缺陷的表现,而这些表现对疾病的了解甚少且难以治疗。早期 PID 诊断对于预后、咨询和治疗成功至关重要。不幸的是,病因 突变 尽管进行了基因组测序,但对于许多患者来说,仍然难以确定,因为无法区分真正有害的突变和众多(通常是良性的)意义不明的基因序列变异(VUS)。虽然已证明 430 多种不同基因的突变会导致某种形式的 PID 疾病,但每个患者的具体突变都很罕见,不太可能事先进行研究,因此如果没有进一步的功能性实验室研究,很难识别。

而不是依赖基因不同的动物或癌症 细胞 系,NguyenLab 利用原代人类免疫细胞中的基因编辑来创建更相关的疾病模型。直接在原代人类免疫细胞中重现 PID 患者的 VUS 突变,为了解人类免疫反应的遗传基础提供了宝贵的见解,可以揭示免疫功能的新机制,并帮助我们最终开发治愈性细胞和基因疗法。

途径

NguyenLab 建立在原代人类细胞基因组工程技术不断改进的基础上。 随着我们构建更好的基因编辑平台,我们正在解决帮助 PID 疾病患者的未满足需求:

  1. 在原代人类细胞中进行基因组工程,以重建、识别和诊断患者特异性 PID 突变
  2. 功能 CRISPR 筛查以了解和预测 PID 突变如何影响免疫细胞行为
  3. 纠正免疫和血液(造血)系统中的致病突变——包括 PID 和血红蛋白病

我们目前正在研究三个疾病领域:

  1. 由于白细胞介素受体 - JAK - STAT 信号转导途径突变导致的严重联合免疫缺陷 (SCID) 和免疫调节紊乱 (PIRD)
  2. 导致家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症 (HLH) 综合征的突变。
  3. 与纠正血红蛋白病特别是镰状细胞病相关的突变

当前项目

  • 为了诊断和治疗 PID 疾病,理想的做法是确定患者的突变是致病的。 这对于开发基因编辑的治疗疗法尤为重要。
  • 我们正在利用 CRISPR 基因编辑来实现“遗传学科赫假设”。 我们在原代人类免疫细胞中重建 VUS,然后测试这些突变如何改变免疫细胞功能。

  • 随着基因组测序变得更便宜和更容易获得,它正在成为疑似 PID 患者的一线测试,但也以实验室研究无法比拟的速度发现高度可疑的 VUS。 在每位患者就诊时等待研究他们的突变对于实现快速准确诊断是不切实际的。
  • NguyenLab 采用 CRISPR 基因敲入筛选方法(有点类似于饱和诱变),利用单个 核苷酸 变异会覆盖最常见的 PID 基因的目标部分。因此,我们可以对潜在的致病突变进行分类 先验 在患者体内被发现之前。 这种方法还为免疫系统的人类遗传控制建立了更详细的基础知识。

  • 基于病毒的基因插入治疗策略难以重新配置,疾病范围有限,并且由于半随机基因组整合而没有基因的自然调控,因此引发安全问题 表达. 更安全、更便宜的基因编辑可以纠正人类原代细胞(T、NK、B、HSC)中的突变,从而大大增加全球范围内可以获得治愈性基因治疗的患者数量。
  • NguyenLab 与 IGI 及其他实验室合作开发和应用新工具,以改进 CRISPR 基因编辑试剂的交付。 我们正在研究肽介导的编辑和“基因补丁”的分子策略,以用健康的代码覆盖患者的突变。 此外,我们参与了 IGI 范围内的工作,以评估各种突变校正策略如何影响编辑后细胞功能的多样性。

最近的出版物

用非病毒基因组靶向重编程人类 T 细胞功能和特异性。

Roth TL, Puig-Saus C, Yu R, Shifrut E, Carnevale J, Li PJ, Hiatt J, Saco J, Krystofinski P, Li H, Tobin V, Nguyen DN, Lee MR, Putnam AL, Ferris AL, Chen JW, Schickel JN、Pellerin L、Carmody D、Alkorta-Aranburu G、del Gaudio D、Matsumoto H、Morell M、Mao Y、Cho M、Quadros RM、Gurumurthy CB、Smith B、Haugwitz M、Hughes SH、Weissman JS、Schumann K , Esensten JH, May AP, Ashworth A, Kupfer GM, Greeley SAW, Bacchetta R, Meffre E, Roncarolo MG, Romberg N, Herold KC, Ribas A, Leonetti MD, 和 Marson A. 自然

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人们

大卫阮爆头
默认meeple爆头

埃坎什·阿格拉瓦尔

本科研究助理

尤安松-安松顿 (Yaw Ansong-Ansongton) 头像

姚安松-安松顿(Yaw Ansong-Ansongton),医学博士

研究生

德罗尔·阿萨的头像

德罗尔·阿萨博士

博士后

艾莉森·比恩的照片

艾莉森比恩

本科研究助理

米凯拉·博尔达多爆头

米凯拉·博尔达多

本科研究助理

陈乔伊

研究生

Utku Goreke 爆头

Utku Goreke 博士

博士后

Dipti Kamath 的照片

医学博士 Dipti Kamath

临床研究员

比比亚娜·奥诺阿爆头
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内森·佩雷斯

本科研究助理

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米哈伊尔·维索茨基爆头

米哈伊尔·维索茨基 (Mikhail Vysotskiy) 博士

博士后

实验室校友

马赫布德龙

马赫布德龙

研究生(轮换)

布伦娜·吉廷斯

布伦娜·吉廷斯

研究生(轮换)

伊莉斯·沃尔夫爆头

Elise Wolf 博士

博士后

新闻

招聘

  • 我们正在积极寻找博士后科学家、研究助理和研究生的候选人。 如果您对我们的工作感到兴奋并有兴趣加入该小组,请联系 David (PI):david[dot]n[dot]nguyen[at]berkeley.edu

对DEI的承诺

  • NguyenLab 渴望参与、支持和培训下一代科学家和临床医生。 我们实验室欢迎所有人——不分种族、民族、性别认同、性取向、社会经济背景或残疾。 我们认为,多样性是教育体验的重要组成部分,可以最大限度地发挥创新和转化科学的作用,并改善患者护理和结果。
  • 我们促进培训计划和人际关系,以促进所有人的包容。 我们努力确保所有背景和身份的公平和访问,我们致力于招聘、指导和培训学术界和 STEM 领域历来代表性不足的人员。