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工具与试剂

为了帮助其他研究人员使用 CRISPR 基因组工程,我们会尽可能分享我们的实验方案和试剂。 我们还维护了一份计算工具列表,这些工具可能对设置 CRISPR 实验、分析数据等有用。

协议

查看我们详细的 JoVE 协议和随附的视频演练 用于在原代人类 HSPC 和 T 细胞中使用 CRISPR-Cas9 RNP 进行基因组编辑, 秀丽隐杆线虫夏威夷鹦鹉.
与 CRISPR-Cas9 基因编辑相关的各种技术的附加协议可在以下网址免费获得 协议.io. 浏览 IGI 生成的协议,包括:

  • Cas9蛋白表达与纯化
  • 体外 向导RNA的转录
  • Cas9 RNP 核转染
  • 基因组 DNA 提取和 PCR
  • CRISPRi 和 CRISPRa 库的再扩增

 

我们使用的协议 CRISPR筛选设施 可以被找寻到 点击此处,包括:

  • 克隆、测序和重新扩增 gRNA 文库
  • 生成表达 Cas9 的稳定细胞系
  • 大规模慢病毒生产和转染
  • 筛选贴壁和悬浮细胞

 

还提供更多的协议集合:

CRISPR-Cas:实验室手册. 由 Doudna JA 和 Mali P. 编辑。 冷泉港实验室出版社 (2016)。
包含使用 Cas9 进行基因组操作的各种协议,包括基因组编辑、特定生物体中的故障排除、如何检测编辑、指导 RNA 文库构建以及 CRISPR 抑制或激活筛选。

CRISPR 方法和协议. 由 Lundgren M、Charpentier E 和 Fineran PC 编辑。 分子生物学方法 (2015)。
从遗传、基因组、分子、生化和结构角度研究 CRISPR-Cas 免疫机制的特征协议。

动物基因组编辑. 由畑田 I 编辑。 分子生物学方法 (2017)。
涵盖了编辑许多不同动物(包括昆虫、鱼类和哺乳动物)基因组的方法。

质粒和文库

可以通过以下方式获得由 IGI 成员实验室和其他实验室生成的用于 CRISPR 介导的基因组操作的各种质粒和混合向导 RNA 文库 Addgene公司。 我们的 CRISPR筛选设施 还分发某些 gRNA 文库。

细胞系

可应加州大学伯克利分校细胞培养设施的要求提供已发布的 CRISPR 干扰、激活或敲除细胞系。 浏览可用线路 点击此处 并联系 Alison Killilea 了解更多信息:ankillilea (at) berkeley.edu。

指导 RNA 设计

*您可能希望使用专为要编辑的生物体设计的工具。*

“如何为 Cas9 敲除制作引导 RNA”教程 (IGI)

劈斩 (卑尔根大学和哈佛医学院)

CRISPR RGEN 套件 (韩国基础科学研究所;首尔国立大学;汉阳大学)
包含用于识别潜在脱靶位点 (Cas-OFFinder) 和微同源区域 (Microhomology-Predictor) 的工具,以及包含这些参数的引导 RNA 设计工具 (Cas-Designer)。

电子脆片 (DKFZ)

sgRNA 设计器 (CRISPRko & CRISPRa/i) (广阔)
这两种工具都适用于 S. 化脓性 以及 S. 金黄色葡萄球菌 Cas9(相应的 PAM: NGG 以及 神经资源记录器); 用 Doench 切削频率测定 (CFD) 分数 评估脱靶。

克里斯波 (特福)
设计用于 gRNA 克隆、表达和验证基因组编辑的 gRNA 和配套引物。 显示多个特异性分数,包括 多恩奇 以及 莫雷诺-马特奥斯.

CRISPR-P (华中农业大学)
设计用于植物基因组编辑的 gRNA。 从对应于多个 Cas9/Cas12 变体和直向同源物的 PAM 中进行选择。

首要设计 (哈佛/MGH/Broad)
为主要编辑实验设计主要编辑指南 RNA (pegRNAs) 和切口 sgRNAs (ngRNAs)。 还包括 主变量,用于纠正数千种不同致病性人类突变的候选 pegRNA/ngRNA 对数据库。

高通量 CRISPR 屏幕设计

cld(CRISPR 库设计器) (安大略癌症研究所)
设计多物种 sgRNA 文库。

克里斯波批次 (特福)
为人类或小鼠细胞中的慢病毒基因敲除筛选设计 gRNA。

CRISPRia设计脚本 (UCSF)
提供基本的 sgRNA 机器学习脚本,用于从 Jonathan Weissman 的实验室生成下一代 CRISPRi 和 CRISPRa 库。

CRISPRi/a 细胞系生产入门 (UCSF)
Weissman 实验室关于如何生成和验证稳定表达的 CRISPRi 和 CRISPRa 细胞系的便捷指南。

测序数据分析

汇集的 Sanger 测序数据

潮汐与潮汐 (桌面遗传学;荷兰癌症研究所)
分析来自细胞池的 Sanger 测序痕迹,以量化切割位点 (TIDE) 或模板化突变 (TIDER) 周围的 indel 谱。

 

NGS数据

Cas分析器 (韩国基础科学研究所;首尔国立大学;汉阳大学)
提供基于 JavaScript 的基因组编辑 NGS 数据即时评估。

克里斯普雷索 (麻省总医院和哈佛)
分析深度测序数据以确定使用 Cas9、Cas12、碱基编辑器、主要编辑器等编辑基因组后的结果。

 

CRISPR屏幕数据

拼车 (安大略癌症研究所)
分析来自汇总 CRISPR 屏幕的原始 NGS 数据。

MAGeCK(全基因组 CRISPR/Cas9 敲除的基于模型的分析) (丹娜法伯和哈佛)
分析来自全基因组 CRISPR 敲除屏幕的数据。

丝网加工 (UCSF)
分析来自汇集 CRISPR 屏幕的测序数据。

CRISPR分析仪 (DKFZ)
用于汇集 CRISPR-Cas9 屏幕的用户友好、基于 Web 的分析套件。

数据库和其他工具

CRISPRCasdb, CRISPRCasFinder和其他 CRISPR-Cas++ 工具(巴黎萨克雷大学)
查找 CAS 来自分析基因组数据库 (db) 或用户上传序列 (Finder) 的感兴趣原核物种中的基因 CRISPR 阵列。

Bondy-Denomy 实验室的抗 CRISPR 列表 (UCSF)
该表包括所有已发表的抗 CRISPR,包括它们的名称、氨基酸序列、它们抑制的 CRISPR 系统以及其他详细信息。

基因组CRISPR (DKFZ)
该数据库汇集了 CRISPR-Cas9 高通量筛选研究的结果,其中包含来自 421 个人类细胞系中超过 XNUMX 万个向导 RNA 的数据。

临床变量 (NIH)
人类基因组变异和已知健康后果的可搜索数据库。

ClinicalTrials.gov (NIH)
在世界各地进行的临床研究的可搜索数据库。 例如,在“其他术语”字段中输入“CRISPR”,然后单击“搜索”以查看当前所有涉及 CRISPR 技术的临床试验。

Addgene 的 CRISPR 资源列表