一个两片式分子 Cas9 绑定并用于标识一个 补充 的DNA 序列。 组成的 CRISPR 核糖核酸 (crRNA) 和 反式激活 CRISPR RNA (tracrRNA). Cas9 使用向导的 tracrRNA 部分作为手柄,而 crRNA 间隔序列将复合物引导至匹配的 DNA 序列。
科学家们还形成了一个由单个分子组成的向导 RNA 版本,即 单向导RNA (sgRNA).