IGI临床实验室 刚刚通过了两个重要的里程碑:实验室为应对 COVID-19 大流行而成立两周年,以及在那段时间处理了 2020 万次测试。 在 XNUMX 年初,这两个里程碑都无法预见,但现在 IGI 临床实验室已发展成为 IGI 及其未来愿景的关键部分,即使在 COVID 大流行后视镜中也是如此。
500,000 次测试的曲折之路
从第一次 COVID 测试开始,IGI 临床实验室就必须不断创新并对快速变化的情况做出反应。 除了开发一种降低成本和提高测试灵敏度的新测试协议外,该实验室还在加州大学校园内创建并验证了一项新的唾液测试,开发了机器人工作流程和样本池,以处理大学所需的测试量和社区合作伙伴为湾区和加利福尼亚北部周围服务不足的社区和急救人员进行测试,并与公共卫生机构协调所有这些工作。
由于快速移动的紧急情况,IGI 临床实验室是一辆必须在移动时制造并不断改进的自行车。
IGI 临床实验室运营主管 Matt McElroy 说:“回想起来,我想到了许多人为这个实验室付出的所有辛勤工作以及一路上所做的创新。” “但并非所有流程改进在传统意义上都是令人兴奋的——例如,我们打开了重复的工作流程以使我们的测试能力翻倍。 同样,我们削减了工作流程中的所有脂肪,并培训了核心测试人员团队以进行高效测试。”
2022 年 50 月,该实验室因 Omicron 变体的快速增长而受到猛烈抨击。 从每周获得 100 到 1000 个阳性结果,实验室突然间获得了 XNUMX 个。
“当积极性飙升时,它会强调我们所做的每一件小事。 在执行样本池时,诸如高阳性率之类的事情会产生巨大的影响。 阳性池中的样本必须重新测试,这需要整合来自机架的重新测试样本。 这从几分钟到几小时。 因此,我们必须设计新的快速寻找样本的方法。”
这些浪潮还影响了社区中的社区合作伙伴和测试团队以及在加州大学伯克利分校收集样本的测试中心。 随着阳性率的上升,寻求快速周转 COVID 检测的人数也在上升。
“过去一年中最大的挑战之一是检测需求在激增期间发生了巨大变化,”LifeLong Medical Care 的 COVID 项目经理 Renna Khuner-Haber 说,他从早期就一直是 IGI 的社区检测合作伙伴。流行病。 “当激增来袭时,我们必须迅速增加我们的人员配备能力,以适应检测的突然增加以及阳性病例数量的猛增。”
当病例率迅速上升时,快速的测试周转时间变得越来越重要。 如果患者呈阳性并且几天都不知道,这会增加将其传播给其他人的机会。
“COVID 测试的可靠性和快速的周转时间对于它成为一种有用的工具并防止社区传播至关重要,”Khuner-Haber 说。 “IGI 始终有快速的测试周转时间,即使在每次激增的开始也是如此。”
IGI 临床实验室的主要里程碑时间表(点击放大)
随着病毒的进化,测试也在进化
IGI 临床实验室主任 Petros Giannikopoulos 解释说:“自大流行开始以来,我们的合作伙伴所需的信息的需求和类型已经发生了变化。” “一开始,只知道某人是否感染了新冠病毒是必要的。 所以我们做出了回应并建立了一个大容量平台来确定是否有人 SARS-COV-2,我们在这方面做得越来越好。 我们开发了自己的 PCR 检测版本,使我们能够提高周转时间和性能。 通过帕卡德基金会的支持,我们一直在为东湾的高风险和脆弱社区提供服务。”
新变种的出现改变了全球大流行的格局。 它改变了人们理解自身风险的方式,并促使 IGI 临床实验室重新考虑它可以提供的测试类型。
“对于 Delta,很明显,某人的压力可能会决定他们生病的程度。 因此,我们做出了回应,并正在启动一项临床 SARS-CoV-2 测序分析,让我们能够报告 病毒 患者如果检测呈阳性,”Giannikopoulos 说,“我们正努力保持领先地位。 如果存在其他构成特定风险的菌株,则此类信息可能会影响医疗管理。”
作为追踪病毒进化和传播的全球合作的一部分,IGI 一直在对阳性检测进行测序,但实验室正计划进行新的临床检测 2022 年 XNUMX 月推出,该信息可以转发给测试呈阳性的人。
IGI 临床实验室还支持 IGI 的研究人员使用 CRISPR 不作为 基因组- 编辑工具,但作为一种快速识别特定 病原体.
Giannikopoulos 说:“因为我们有一个内部的临床实验室来执行金标准测试,所以我们有一个机制来对新工具进行基准测试,包括新的基于 CRISPR 的分析。”
为什么 CRISPR 需要临床实验室
虽然 IGI 临床实验室的创建是为了满足紧急需求,但很明显,在大楼内拥有一个 CLIA 认证的临床实验室有额外的好处,特别是对于基于 CRISPR 的治疗方法的开发。
新的基于 CRISPR 的疗法的一个关键挑战是衡量实验性治疗的成功与否。 这些疗法是如此新颖,没有预先存在的测试。 对于 UC 联盟目前的临床试验 镰状细胞病的 CRISPR 疗法,研究人员希望能够跟踪治疗的效果并观察任何意外的副作用。 这就是 IGI 临床实验室的用武之地。
开发用于识别 SARS-CoV-2 变体的测序分析的过程还有另一个目的:为镰刀的其他临床级测序分析提供基础 细胞 IGI 正在开发的疾病和其他基于 CRISPR 的疗法。
“我们对镰状细胞试验的责任是开发并最终部署临床级分析,以查看编辑镰状细胞的效率 突变 在病人 干细胞,并且还要寻找一个已知的 不中 随着时间的推移,在干细胞中的位点,然后在外周血和骨髓中,”Giannikopoulos 说。
COVID继续
尽管随着 Omicron 浪潮似乎正在消退,媒体对 COVID 大流行的关注已转移到其他故事上,但 IGI 临床实验室正在为接下来的事情做准备,甚至在未来几个月内努力扩大社区合作伙伴网络.
“我们的团队努力为我们的合作伙伴提供可靠、快速、高质量的测试,”IGI 临床实验室项目经理 Erica Moehle 说。 “无论好坏,我们的临床实验室经历了多次苛刻的激增,因此我们更好地了解了测试环境的繁荣和萧条周期。 虽然我们希望大流行结束,但我们仍在确保我们为未来的一切做好准备。”