基因组-宽 核糖核酸 用于基因敲除筛选的文库风靡一时，研究人员非常慷慨地将它们提供给 Addgene公司. 但是您应该为您的项目选择哪一个？ 数据总是比猜测要好，我已经开始以相对系统的方式研究外面的东西。 请注意，这是一项正在进行的工作，因此结果可能会有所变化，但一般要点可能会相似。 此外，指南评分的细节是一个有争议的话题，所以现在让我们讨论每个人都可能同意的大局主题。
下面是一个平滑的分数分布（越低越好，尺度是任意的），基于与两篇论文相关的三个不同指南库的几个指标（x 轴上的分数和 y 轴上该分数的频率）。 为什么两篇论文要三个图书馆？ 事实证明，一个 Addgene 存放的库与论文中测试的库不同。 值得庆幸的是，作者非常透明，并将两组序列存入 Addgene。 为他们点赞！
首先要注意的是，大多数指南的得分低于 50。这很好！ 这意味着那些向导只因相对琐碎的事情而受到惩罚。 因此，这些库非常好，大多数指南都应该是实用的（考虑到这些库的精彩论文，这很简单）。 要注意的第二件事是，一些库的峰值约为 50。这很糟糕，因为 50 是添加到包含 Pol III 终止子序列的指南的惩罚。 这些可能是无用的指南，因为它们甚至不会完全 转录，但至少他们应该在图书馆里保持沉默。 要注意的第三件事是分数超过 100 的锯齿状峰。 这些指南在图书馆中相对较少，但可能很可怕。 导游只有在可能的情况下才能获得如此高的分数 不中 发生的序列 编码区内. 事实上，指南获得+100 每 脱靶编码区。 因此，锯齿图案 >200 表示这些库中的指南可能会淘汰不止一个 基因 除了一个目标。 因此，在使用这些库时，您感兴趣的表型出现在多个指南中非常重要（如论文中所强调的那样）。 由于脱靶效应，只相信一位向导可能会使您误入歧途。
以上并不是要劝阻任何人使用这些库。 它们是一种令人难以置信且史无前例的资源，发起者通过在 Addgene 上以象征性的费用提供它们，为社区提供了巨大的服务。 但我认为所有经验丰富的科学家都知道将事物视为黑匣子是危险的，而从引擎盖下看永远不会受到伤害。 我确信图书馆的改进将成为未来一段时间的热门话题，这对于想要将这些用于新生物学的人来说只会是一件好事。
