乔·德瑞西 是加州大学旧金山分校的生物化学和生物物理学教授,同时也是 陈扎克伯格生物中心. 他是 IGI 资助的 PI 研究项目 寻找 基因 对 SARS-COV-2是, 病毒 这会导致 COVID-19。 一月份,他与 IGI 科学作家 Hope Henderson 讨论了这个项目及其进展情况。
告诉我您正在与 IGI 进行的 COVID-19 研究。
人们使用了许多不同的方法来识别 蛋白质 这对于 SARS-CoV-2 进入 细胞 并在那里复制,导致 COVID-19。 我们的目标是确定已确定的众多宿主因素中哪些是真正重要的——其中大多数是偶然存在的,只有少数是关键因素。 因此,您可以将其视为将种子与谷壳分离的风选程序。 最终,我们正试图澄清可以作为治疗干预目标的宿主因素。
我每天都在实验室。 这次大流行是我们的超级碗。
这个项目是我实验室的 Sara Sunshine 和来自实验室的 Marco Hein 之间的合作。 乔纳森·韦斯曼的实验室,使用乔纳森前段时间开发的一种技术,称为 扰动序列. 我们正在减少或消除 表达 基因使用 CRISPR,然后使用 Perturb-seq 并行分析许多细胞的转录组,而不是一次分析一个。
您是如何与 Jonathan Weissman 合作的?
近 20 年来,我们在 UCSF 共享相邻的实验室空间,因此在那段时间里,我与 Jonathan 合作开展了许多项目。 乔纳森是一个非常聪明和敏锐的人。 他总是很有趣,充满了很棒的想法。 我很遗憾看到他去东海岸。
您如何确保您的工作与不同的病毒株相关?
我们与 UCSF 临床实验室合作,从患者样本中分离出病毒 我们的测试中心 并创建了代表现代的经过验证的序列菌株 突变 我们在病毒中看到的。
我们正在处理的数据集包括几个月前的临床突变。 总会有新的突变出现。 我们计划在重要的新变体出现时重复这个实验。
你在项目的什么地方?
第一屏的主要部分已经完成。 Sara Sunshine 和 Marco Hein 正忙于分析数据。 与这些大规模实验一样,实验实际上进行得相当快,但分析是必须卸下沉重负担的地方。
此外,我们一直在研究各种再利用屏幕,以测试已在美国或欧盟批准用于其他用途的药物。 这是一个很好的起点,因为它们的安全性和副作用已经得到很好的理解,而且它们已经被批准并可用。 我们对可能协同作用以对抗病毒的药物组合特别感兴趣——迄今为止,许多筛选仅发现使用单一化合物的少量命中。 我们还对不同药物如何影响不同病毒株感兴趣。
您是否担心在加利福尼亚这里发现的新菌株?
病毒中无时无刻不在出现突变。 每两到三个传播事件就会有新的突变。 其中一些位于 基因组 那些编码蛋白质的,有些在基因组的其他部分。 其中一些似乎变得更加频繁。 英国变种 B.1.1.7 具有很强的流行病学信息,表明传播能力增强,但我们尚未在当地抽样中观察到它。 有一种菌株在洛杉矶首次报道,其刺突蛋白的第 452 位残基和另外两个残基发生突变,该突变也以某种频率增加。 然而,与英国的变体不同,我们目前缺乏足够的流行病学数据来评估是否存在增强的传播性。
我意识到说“可能有一个可怕的新变种”是一个很好的标题——但这不是一个负责任的标题。
需要做更多的工作来了解该变体频率的增加是否真的与传播有关,或者它是否是整体感染率增加的产物,整个湾区在 XNUMX 月到 XNUMX 月都出现了这种情况。 为了得出可靠的结论,我们需要流行病学数据或生物物理数据,这些数据表明任何特定变异确实存在某些问题。 没有那个,我认为我们不应该称之为可怕的东西。 我意识到说“可能有一个可怕的新变种”是一个很好的标题——但这不是一个负责任的标题。 Clickbait 基本上没有支持数据来理解发现的意义。
你有什么检疫爱好吗?
我每天都在实验室。 这次大流行是我们的超级碗。 就是这个。 这是我整个职业生涯一直在准备的事情。 现在不是呆在家里摆弄大拇指的时候。