La pandemia de COVID-19 ha infectado a decenas de millones de personas y ha causado casi un millón de muertes en todo el mundo. Junto con muchos otros estados y países, California ha emitido una política de refugio en el lugar para todos los residentes. Estas medidas sin precedentes han perturbado de manera significativa la vida diaria de aproximadamente 40 millones de habitantes en el estado de manera indefinida. Nos enfrentamos a una situación extraordinaria en la que el seguimiento en tiempo real del SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19, es fundamental para evitar una mayor propagación.

Nuestro objetivo es secuenciar los genomas del SARS-CoV-2 de pacientes infectados en todo el norte de California. Proporcionaremos monitoreo en tiempo real para ayudar en la respuesta epidemiológica de salud pública informando el despliegue de recursos limitados para pruebas, rastreo de contactos y contención. La vigilancia genómica en tiempo real es fundamental para respaldar la infraestructura de salud pública para que la sociedad vuelva a funcionar. Como todos los métodos, datos y resultados se compartirán de manera inmediata y pública, nuestro impacto en el brote de COVID-19 en California también servirá como modelo para otros estados y países, que pueden tener una trayectoria de brote retardada.