Observando bibliotecas de guías para todo el genoma

Genomade ancho ARNsg Las bibliotecas para el cribado de knockout están de moda, y los investigadores las han puesto a disposición generosamente en Addgene. Pero, ¿cuál deberías elegir para tu proyecto? Los datos siempre son mejores que las conjeturas, y comencé a analizar lo que hay disponible de una manera relativamente sistemática. Tenga en cuenta que este es un trabajo en progreso, por lo que los resultados probablemente cambiarán un poco, pero la esencia general probablemente será similar. Además, los detalles en la puntuación de las guías son un tema controvertido, por lo que, por ahora, analicemos los temas generales en los que todos probablemente puedan estar de acuerdo.

A continuación se muestra una distribución suavizada de puntajes (cuanto más bajo es mejor, la escala es arbitraria), basada en varias métricas para tres bibliotecas de guías diferentes relacionadas con dos artículos (puntaje en el eje xy frecuencia de ese puntaje en el eje y). ¿Por qué tres bibliotecas para dos artículos? Resulta que una biblioteca depositada por Addgene no es lo mismo que lo que se probó en el documento. Afortunadamente, los autores fueron muy transparentes y depositaron ambos conjuntos de secuencias en Addgene. ¡Felicitaciones a ellos!

Lo primero que hay que tener en cuenta es que la mayoría de los guías obtienen una puntuación por debajo de 50. ¡Eso es bueno! Significa que esos guías solo han sido penalizados por cosas relativamente triviales. Por lo tanto, las bibliotecas son bastante buenas y la mayoría de las guías deberían ser funcionales (una obviedad, dados los impresionantes artículos sobre estas bibliotecas). La segunda cosa a tener en cuenta es que algunas bibliotecas tienen un pico alrededor de una puntuación de 50. Eso es malo, porque 50 es la penalización agregada a las guías que contienen secuencias terminadoras Pol III. Es probable que sean guías inútiles, ya que ni siquiera estarán completamente transcritas, pero al menos deberían guardar silencio en la biblioteca. La tercera cosa a tener en cuenta son los picos irregulares por encima de una puntuación de ~ 100. Estas guías son relativamente raras en las bibliotecas, pero son potencialmente aterradoras. Los guías solo pueden obtener una puntuación tan alta si es probable fuera del objetivo secuencias que ocurren dentro de las regiones de codificación. De hecho, los guías obtienen +100 por cada una región de codificación fuera del objetivo. Entonces, el patrón de dientes de sierra> 200 representa guías en estas bibliotecas que potencialmente podrían eliminar más de una gen que no sea el único objetivo. Por lo tanto, al utilizar estas bibliotecas, es muy importante que su fenotipo de interés se produzca con más de una guía (como se destaca en los artículos). Confiar en una sola guía podría llevarlo muy lejos debido a efectos fuera del objetivo.

Lo anterior no tiene la intención de disuadir a nadie de usar estas bibliotecas. Son un recurso increíble y sin precedentes y los creadores han prestado un gran servicio a la comunidad al ponerlos a disposición por una tarifa nominal en Addgene. Pero creo que todos los científicos experimentados saben que es peligroso tratar las cosas como una caja negra, y que mirar debajo del capó nunca está de más. Estoy seguro de que las mejoras de la biblioteca serán un tema candente durante algún tiempo y eso solo puede ser algo bueno para las personas que quieran usarlas para la nueva biología.

By maíz jacob

Jacob Corn es profesor de biología del genoma en ETH Zürich. El laboratorio de maíz estudia la intersección de la reparación del ADN humano y las herramientas de edición del genoma y desarrolla nuevos enfoques para curar enfermedades humanas mediante la edición del genoma.