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Enfoque de la investigación de COVID-19: Joe DeRisi sobre la reutilización de medicamentos para combatir el COVID-19
joe derisi es profesor de bioquímica y biofísica en la Universidad de California, San Francisco, y copresidente de Biohub de Chan Zuckerburg. Él es un investigador principal en un IGI proyecto de investigación buscar los genes que son cruciales para SARS-CoV-2, la virus que causa COVID-19. En enero, habló con la escritora científica de IGI, Hope Henderson, sobre este proyecto y cómo está progresando.
Cuénteme sobre la investigación de COVID-19 en la que está trabajando con IGI.
La gente ha utilizado muchos métodos diferentes para identificar proteínas que podría ser importante para que el SARS-CoV-2 gane entrada en células y replicar allí, causando COVID-19. Nuestro objetivo es identificar cuáles de los muchos factores del host que se han identificado son realmente importantes; la mayoría de ellos están allí de manera incidental, solo unos pocos son actores clave. Entonces, puede pensar en esto como un procedimiento de aventado en el que la semilla se separa de la paja. En última instancia, estamos tratando de aclarar los factores del huésped que podrían ser objeto de una intervención terapéutica.
Estoy en el laboratorio todos los días. Esta pandemia es nuestro Super Bowl.
Este proyecto es una colaboración entre Sara Sunshine de mi laboratorio y Marco Hein de El laboratorio de Jonathan Weissman, utilizando una técnica que Jonathan desarrolló hace algún tiempo llamada Perturb-seq. Estamos reduciendo o eliminando expresión de genes usando CRISPR, y luego usar Perturb-seq para analizar los transcriptomas de muchas células en paralelo, en lugar de hacerlo uno a la vez.
¿Cómo llegaste a trabajar con Jonathan Weissman?
Hemos compartido espacio de laboratorio contiguo en UCSF durante casi 20 años, por lo que he trabajado en colaboración con Jonathan en muchos proyectos durante ese tiempo. Jonathan es un individuo increíblemente inteligente y agudo. Siempre es divertido y está lleno de grandes ideas. Lamenté verlo partir hacia la costa este.
¿Cómo se asegura de que su trabajo sea relevante para las diferentes cepas del virus?
Aislamos el virus de muestras de pacientes en colaboración con los Laboratorios Clínicos UCSF y nuestro centro de pruebas y creó cepas de secuencia validada que son representativas de la moderna mutaciones que estamos viendo en el virus.
El conjunto de datos en el que estamos trabajando incluye las mutaciones clínicas de hace unos meses. Siempre surgen nuevas mutaciones. Tenemos planes de repetir este experimento a medida que surjan nuevas variantes importantes.
¿Dónde estás en el proyecto?
La mayor parte de la primera pantalla ya se ha completado. Sara Sunshine y Marco Hein están ocupados analizando los datos. Como es típico con estos experimentos a gran escala, el experimento en realidad fue bastante rápido de llevar a cabo, pero es en el análisis donde se debe eliminar la pesada carga.
Además, hemos estado investigando una variedad de pantallas de reutilización que prueban medicamentos que ya están aprobados para otros fines en los EE. UU. O la Unión Europea. Estos son un buen lugar para comenzar porque sus perfiles de seguridad y efectos secundarios se comprenden bien, y ya están aprobados y disponibles. Estamos especialmente interesados en combinaciones de medicamentos que podrían funcionar juntos de manera sinérgica para derrotar al virus; hasta la fecha, muchas pantallas han encontrado solo una pequeña cantidad de resultados utilizando compuestos únicos. También nos interesa saber cómo las distintas cepas del virus se ven afectadas por distintos fármacos.
¿Le preocupan las nuevas cepas identificadas aquí en California?
Las mutaciones aparecen en el virus todo el tiempo. Hay nuevas mutaciones cada dos o tres eventos de transmisión. Algunos de ellos están en partes del genoma, que codifican proteínas y algunas están en otras partes del genoma. Algunos de estos parecen observarse con mayor frecuencia. La variante B.1.1.7 del Reino Unido tiene una sólida información epidemiológica que muestra una transmisibilidad mejorada, pero aún no la hemos observado en nuestro muestreo local. Hay una cepa que se informó por primera vez en Los Ángeles que tiene una mutación en la proteína de pico en el residuo 452 y otros dos residuos que también han ganado en cierta frecuencia. Sin embargo, a diferencia de la variante del Reino Unido, carecemos de datos epidemiológicos suficientes en este momento para evaluar si hay una transmisibilidad mejorada o no.
Me doy cuenta de que es un gran titular decir que "puede haber una nueva variante aterradora", pero no es un titular responsable.
Se necesita trabajo adicional para comprender si el aumento en la frecuencia de esa variante es realmente algo que ver con la transmisión, o si es un artefacto de una mayor tasa de infección general, que toda el Área de la Bahía ha visto de diciembre a enero. Para sacar conclusiones sólidas, necesitaríamos datos epidemiológicos o biofísicos que digan que realmente hay algo en cualquier variante en particular. Sin eso, no creo que debamos llamar a algo aterrador. Me doy cuenta de que es un gran titular decir que "puede haber una nueva variante aterradora", pero no es un titular responsable. Clickbait básicamente, sin los datos de respaldo para comprender la importancia del hallazgo.
¿Tienes pasatiempos de cuarentena?
Estoy en el laboratorio todos los días. Esta pandemia es nuestro Super Bowl. Eso es todo. Esto es lo que he estado preparando para toda mi carrera. Este no es el momento de quedarse en casa y jugar con los pulgares.