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Medio millón de pruebas de COVID después, el laboratorio clínico del IGI mira hacia el futuro
El Laboratorio Clínico IGI acaba de pasar dos hitos importantes: el segundo aniversario del lanzamiento del laboratorio en respuesta a la pandemia de COVID-19 y el procesamiento de medio millón de pruebas en ese tiempo. A principios de 2020, ninguno de estos hitos podría haberse previsto, pero ahora el Laboratorio Clínico del IGI se ha convertido en una parte clave del IGI y su visión de futuro, incluso después de que la pandemia de COVID esté en el espejo retrovisor.
El camino sinuoso a 500,000 pruebas
Desde la primera prueba de COVID, el Laboratorio Clínico IGI tuvo que innovar constantemente y reaccionar ante una situación que cambia rápidamente. Además de desarrollar un nuevo protocolo de prueba que redujo los costos y mejoró la sensibilidad de la prueba, el laboratorio creó y validó una nueva prueba de saliva en todo el campus de la UC, desarrolló flujos de trabajo robóticos y agrupación de muestras para manejar el volumen de pruebas que necesita la Universidad y socios comunitarios que realizan pruebas para comunidades desatendidas y socorristas en el Área de la Bahía y el norte de California, y coordinaron todo este trabajo con las agencias de salud pública.
Debido a la rápida evolución de la emergencia, el Laboratorio Clínico IGI era una bicicleta que debía construirse, y mejorarse constantemente, mientras estaba en movimiento.
“Mirando hacia atrás, pienso en todo el arduo trabajo que tantos pusieron en este laboratorio y las innovaciones realizadas en el camino”, dice Matt McElroy, supervisor de operaciones del Laboratorio Clínico IGI. “Pero no todas las mejoras del proceso fueron emocionantes en un sentido tradicional; por ejemplo, activamos un flujo de trabajo duplicado para duplicar nuestra capacidad de prueba. Del mismo modo, recortamos toda la grasa de nuestros flujos de trabajo y capacitamos a un equipo central de personal de prueba para realizar pruebas de manera eficiente”.
En enero de 2022, el laboratorio se vio afectado por el rápido aumento de la variante Omicron. De obtener de 50 a 100 positivos por semana, de repente el laboratorio estaba obteniendo 1000.
“Cuando la positividad se disparó, enfatizó cada pequeña cosa que hacemos. Cosas como una alta tasa de positividad tienen un gran impacto al realizar la agrupación de muestras. Las muestras en grupos positivos tienen que volver a analizarse, lo que requiere consolidar las muestras para volver a analizar de las gradillas. Esto pasó de tomar unos minutos a horas. Así que tuvimos que diseñar nuevas formas de encontrar muestras rápidamente”.
Las olas también han afectado a los socios de la comunidad y los equipos de prueba que están en la comunidad y en los centros de prueba de UC Berkeley que recolectan muestras. A medida que aumentan las tasas de positividad, también aumenta la cantidad de personas que buscan una prueba COVID de respuesta rápida.
“Uno de los mayores desafíos del año pasado fueron los cambios masivos en la demanda de pruebas durante los aumentos repentinos”, dice Renna Khuner-Haber, gerente del programa COVID para LifeLong Medical Care, quien ha sido socia de pruebas comunitarias del IGI desde principios de la pandemia “Cuando llega un aumento repentino, tenemos que aumentar rápidamente nuestra capacidad de personal para acomodar el aumento repentino de las pruebas, así como el número vertiginoso de casos positivos”.
Cuando las tasas de casos aumentan rápidamente, el tiempo de respuesta rápido para las pruebas se vuelve cada vez más importante. Si un paciente es positivo y no se entera durante varios días, eso aumenta la posibilidad de contagiar a otros.
“La confiabilidad de las pruebas de COVID y los tiempos de respuesta rápidos son esenciales para que sea una herramienta útil y evite la propagación en la comunidad”, dice Khuner-Haber. "IGI siempre ha tenido un tiempo de respuesta rápido para las pruebas, incluso al comienzo de cada aumento".
Una cronología de los principales hitos del Laboratorio Clínico IGI (haga clic para ampliar)
A medida que evoluciona el virus, también lo hacen las pruebas
“Desde el comienzo de la pandemia, las necesidades y el tipo de información que requieren nuestros socios han evolucionado”, explica Petros Giannikopoulos, Director del Laboratorio Clínico IGI. “Al principio, solo saber si alguien tenía COVID o no era lo que era necesario. Así que respondimos y construimos una plataforma de alta capacidad para determinar si alguien tiene SARS-CoV-2, y nos volvimos cada vez mejores en hacer eso. Desarrollamos nuestra propia versión del ensayo de PCR que nos permitió mejorar el tiempo de respuesta y el rendimiento. A través del apoyo de la fundación Packard, hemos estado ofreciendo nuestro servicio a las comunidades vulnerables y de alto riesgo en East Bay”.
La aparición de nuevas variantes cambió el panorama de la pandemia en todo el mundo. Cambió la forma en que las personas entendían su propio riesgo y llevó al Laboratorio Clínico IGI a repensar el tipo de prueba que podría proporcionar.
“Con Delta, quedó muy claro que la tensión que alguien tiene puede determinar qué tan enfermo se enferma. Entonces respondimos y estamos lanzando un ensayo clínico de secuenciación del SARS-CoV-2 que nos permite informar qué variante del virus tiene un paciente si da positivo”, dice Giannikopoulos. “Estamos tratando de mantenernos a la vanguardia. En el caso de que existan otras cepas que presenten riesgos específicos, ese tipo de información puede influir en el manejo médico”.
Como parte de una colaboración global para rastrear la evolución y propagación del virus, el IGI ha estado secuenciando pruebas positivas, pero con el nuevo ensayo clínico que el laboratorio planea lanzamiento en mayo de 2022, esa información se puede transmitir a la persona que dio positivo.
El Laboratorio Clínico de IGI también está apoyando a los investigadores de IGI que están desarrollando pruebas rápidas en el punto de atención para COVID-19 y otras enfermedades infecciosas utilizando CRISPR no como un genoma,-herramienta de edición, sino como una forma de identificar rápidamente patógenos.
“Debido a que tenemos un laboratorio clínico interno que realiza pruebas estándar de oro, tenemos un mecanismo para comparar nuevas herramientas, incluidos nuevos ensayos basados en CRISPR”, dice Giannikopoulos.
Por qué CRISPR necesita un laboratorio clínico
Si bien el Laboratorio Clínico IGI se creó para satisfacer una necesidad de emergencia, quedó claro que tener un laboratorio clínico certificado por CLIA en el edificio tenía beneficios adicionales, particularmente para el desarrollo de curas basadas en CRISPR.
Un desafío clave para las nuevas terapias basadas en CRISPR es medir el éxito de un tratamiento experimental. Estas terapias son tan nuevas que no hay pruebas preexistentes. Para el ensayo clínico actual del consorcio de la UC de un Terapia CRISPR para la enfermedad de células falciformes, los investigadores quieren poder hacer un seguimiento de qué tan bien está funcionando la terapia y observar cualquier efecto secundario no deseado. Aquí es donde entra en juego el Laboratorio Clínico IGI.
El proceso de desarrollo de un ensayo de secuenciación para identificar las variantes del SARS-CoV-2 tiene otro propósito: proporcionar una base para otros ensayos de secuenciación de grado clínico para la enfermedad falciforme. (SCD por sus siglas en inglés), enfermedad y otras terapias basadas en CRISPR en desarrollo en IGI.
“Nuestra responsabilidad para el ensayo de células falciformes es desarrollar y, en última instancia, implementar un ensayo de grado clínico para observar la eficiencia de editar el ensayo de células falciformes. crianza de organismos con mutación deseada en paciente células madre, y también para buscar uno de los conocidos fuera del objetivo sitios en las células madre y luego en la sangre periférica y la médula ósea con el tiempo”, dice Giannikopoulos.
COVID continúa
Si bien gran parte de la atención de los medios sobre la pandemia de COVID se ha desplazado a otras historias a medida que la ola de Omicron parece estar retrocediendo, el Laboratorio Clínico de IGI se está preparando para lo que viene e incluso está trabajando para expandir la red de socios comunitarios en los próximos meses. .
“Nuestro equipo trabaja arduamente para proporcionar pruebas confiables, rápidas y de alta calidad para nuestros socios”, dice Erica Moehle, Gerente de Proyectos del Laboratorio Clínico IGI. “Para bien o para mal, nuestro Laboratorio Clínico ha vivido múltiples aumentos repentinos de demanda, por lo que comprendemos mejor el ciclo de auge y caída del panorama de las pruebas. Si bien deseamos que la pandemia haya terminado, todavía nos estamos asegurando de estar preparados para lo que nos depare el futuro”.
