“Desafortunadamente, no es de extrañar que esta y otras variantes se estén detectando localmente, dado el alcance de virales propagación que está sucediendo actualmente a nivel regional, nacional e internacional ”, dijo la Dra. Anna Harte, directora médica de University Health Services (UHS). “Con más virus en circulación, las cepas emergentes que son más transmisibles tenderán a dominar. Lo que es más preocupante es si pueden volverse resistentes a nuestra vacunasy lo letales que son. Cuanto más eficientemente podamos contener la propagación, más posibilidades tendremos de cortarla de raíz. Es absolutamente fundamental que las personas sean aún más cuidadosas que antes durante esta pandemia para que podamos vacunar y proteger a quienes corren mayor riesgo de enfermarse gravemente ”.
El campus ahora está experimentando un aumento en la cantidad de estudiantes con COVID-19, lo que obligó a los administradores a dirigir a todos los estudiantes que actualmente viven en los dormitorios del campus a auto-secuestrarse para ayudar a contener la propagación. Los estudiantes deben permanecer en sus habitaciones tanto como sea posible y usar cubiertas para la cara siempre que estén en áreas comunes del piso de su dormitorio.
Los dos casos de UC Berkeley de la variante B.1.1.7 fueron descubiertos por un equipo de investigadores que están secuenciando virus-muestras positivas obtenidas durante las pruebas sintomáticas y asintomáticas de todos los estudiantes, profesores y personal in situ. Los estudiantes infectados informaron síntomas y se les hizo la prueba del coronavirus el 19 y 21 de enero, respectivamente. El rastreo de contactos por parte del personal de UHS reveló que ambos habían llegado recientemente a los EE. UU. Desde el extranjero y estaban conectados.
La secuenciación más reciente también reveló detalles adicionales sobre las variantes virales locales.
En un conjunto de 95 virus de sus genomas recientemente secuenciados, todos recolectados entre el 4 de noviembre de 2020 y el 21 de enero de 2021, casi una cuarta parte (26%) fueron una variante relativamente nueva de California llamada CAL.20C que se está extendiendo por todo el estado. Hasta el 2 de febrero, California había informado más de 1,000 casos de esta variante. En el área de Los Ángeles, la variante representa entre un cuarto y un tercio de todos los casos de COVID-19. Las características de esta nueva variante aún se desconocen, pero existe cierta preocupación de que también pueda ser más infecciosa.
Además, una persona que dio positivo en CAL.20C en enero de este año había sido previamente infectada con una variante diferente de SARS-CoV-2, en julio de 2020.
Se han reportado reinfecciones de este tipo en todo el mundo, aunque todavía son raras, dijo Stacia Wyman, especialista en medicina. genómica quien lidera el esfuerzo de secuenciación dentro del Instituto de Genómica Innovadora de UC Berkeley.
“Es realmente significativo que la variante CAL.20C que parece estar tomando el control de al menos un tercio de los casos pudo reinfectar a alguien”, dijo Wyman. "La carga viral de esa persona era muy alta".
Vigilancia viral
Desde el pasado mes de marzo, cuando los investigadores del IGI se movilizaron por primera vez para hacer frente a la pandemia de COVID-19, Wyman y su colega Liana Lareau, profesora asistente de bioingeniería, se han labrado un nicho crucial: monitorear el mutaciones en el virus SARS-CoV-2 en la comunidad local. Una vez que los investigadores de IGI comenzaron a analizar muestras del campus y de la comunidad en abril, comenzaron a secuenciar el virus en cada muestra de hisopo que mostrara una carga viral lo suficientemente alta.
Hasta la fecha, ella y su equipo han reconstruido las secuencias de 750 muestras virales, todas las cuales se han subido a la base de datos nacional que rastrea la propagación de variantes. El grupo IGI es parte del programa de Secuenciación para la Respuesta a Emergencias de Salud Pública, Epidemiología y Vigilancia (SPHERES) de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (SPHERES), y también colabora con un esfuerzo de secuenciación de UC San Francisco dirigido por Charles Chiu, quien identificó por primera vez el CAL.20C variante a principios de enero.
Como parte de los esfuerzos nacionales para rastrear variantes emergentes, el equipo de Wyman está implementando actualmente un proceso rápido con un tiempo de respuesta de dos semanas desde la prueba hasta la entrada en la base de datos pública. Las muestras positivas de la semana anterior se compilan en una placa de 96 pocillos, se realiza una preparación de la biblioteca de dos días para la secuenciación, las muestras se secuencian en un Illumina MiSeq, que demora aproximadamente tres días, y luego se analizan y se hacen públicas en dos días .
La respuesta más rápida es particularmente crítica para rastrear nuevas variantes, dijo, en contraste con un promedio de 97 días para los EE. UU. En 2020.También está duplicando la capacidad semanal del laboratorio durante el brote actual del campus para secuenciar casi todos los casos positivos descubiertos. en el campus.
Una vez que se construyen los genomas virales para cada muestra, traza todas las mutaciones virales en un gráfico, que representa un árbol evolutivo que muestra cómo los virus del campus han cambiado con el tiempo y han llegado nuevas variantes. La transmisión de una persona a otra a menudo implica al menos una nueva mutación, lo que le permite rastrear variantes a medida que las infecciones se mueven a través de la población.
En junio pasado, por ejemplo, cuando se rastreó un brote hasta una fiesta fuera del campus, documentó las mismas tres mutaciones reveladoras en 52 personas, lo que convirtió a la fiesta en un verdadero evento de gran difusión.
“Secuenció todos los genomas que habíamos reunido hasta ese momento, y 52 de ellos eran iguales, lo que significa que una persona le dio COVID a 52 personas en una fiesta”, dijo. "Luego tuvimos siete casos más que estaban a una mutación de ese genoma, así que sabíamos que provenía de ese brote".
Sin embargo, la buena noticia fue que esta variante esencialmente desapareció. Ella acredita el rastreo de contactos oportunos por parte de UHS y los esfuerzos educativos del campus, incluido el Iniciativa Campus Seguro pruebas que se estaban llevando a cabo en ese momento.
"Debido a que estaban involucrando a la gente y educándola, tuvimos ese gran aumento, pero luego se cerró de inmediato y no vimos más casos, lo cual es fantástico y un testimonio de la respuesta del campus en ese caso", dijo. .
Wyman y su equipo se están preparando ahora para secuenciar muchos de los nuevos casos que han aparecido en el campus, para ver si la variante que se originó en el Reino Unido o la variante CAL.20C, o tal vez otras, se está extendiendo más ampliamente. No hay evidencia en este momento de que la nueva variante esté relacionada con el reciente aumento en los campus de casos de COVID-19. La variante que se originó en California también puede ser más transmisible, debido a su rápido dominio sobre otras variantes, pero las pruebas de esta hipótesis aún no se han completado.
Mientras tanto, Wyman dice que está siendo muy cautelosa para no contratar ninguna de las nuevas variantes ella misma.
“La gente debe tener cuidado. Hay más variantes y hay muchas más personas con COVID-19 ”, dijo. "Es realmente importante ahora, cuando estamos tratando de vacunar a la mayor cantidad posible de personas, que ralenticemos el virus tanto como podamos y le demos a la vacuna la oportunidad de funcionar".