¿Es Cas9 específico?

Empecé a escribir un análisis extenso sobre si Cas9 es específico. Contenía varios análisis en profundidad de muchos artículos. Hubo argumentos a favor y en contra. Pero justo en el medio me di cuenta de que los detalles de la literatura sobre la especificidad realmente no importan y eliminé todo. Este es el por qué…

La especificidad de Cas9 puede ser muy interesante para ti si estás creando (SCD por sus siglas en inglés), líneas para uso en investigación. Después de todo, no quieres informar sobre un fenotipo que en realidad se deriva de un gen knockout fuera de objetivo. Pero si estás pensando en un gen terapia de corrección, la especificidad lo mantendrá despierto por la noche con un sudor frío.

Y esa distinción, junto con la mentalidad de investigación versus terapéutica, es la clave. Varios artículos han demostrado que Cas9 es moderadamente específico y moderadamente permisivo. Hay todo tipo de literatura sobre regiones semilla y burbujas de ARNsg, etc. Pero en este momento, podemos decir que los ARNsg pueden ser al menos bastante buenos, y es difícil saber cuándo serán malos.

Por lo tanto, para fines de investigación, no importa si Cas9 es altamente específico o no, porque simplemente se deben elegir dos guías distintas y demostrar que el fenotipo es robusto a la elección de guías. La probabilidad de que dos guías de secuencias diferentes tengan el mismo gen fuera de objetivo es muy baja. Esto es muy parecido a lo que se hace con las bibliotecas CRISPRcut/i/a de todo el genoma, pero creo que también se debería extender a las líneas celulares creadas con CRISPR y probablemente incluso a los modelos animales.

Y para fines terapéuticos, realmente no importa lo que diga la literatura. Incluso si todos los documentos en todas partes dijeran que Cas9 era absolutamente estricto, aún necesitaría demostrar especificidad (o al menos conocimiento de objetivos no deseados benignos) para su aplicación de interés. Cualquiera que use un reactivo dirigido al genoma en humanos sin una tarea cuidadosa sobre ese reactivo (independientemente del precedente de la literatura) no tiene por qué hacer terapias.

By maíz jacob

Jacob Corn es profesor de biología del genoma en ETH Zürich. El laboratorio de maíz estudia la intersección de la reparación del ADN humano y las herramientas de edición del genoma y desarrolla nuevos enfoques para curar enfermedades humanas mediante la edición del genoma.