Una proteína derivado del sistema bacteriano impermeable CRISPR-Proteínas Cas que ha sido adoptada para la ingeniería del genoma. Cas3 es una nucleasa-helicasa independiente que se recluta a una secuencia de ADN de interés mediante un complejo guiado independiente por ARNcr Llamado cascada. En cuanto Cascade identifica un ADN complementario de interés, recluta a Cas3 para que se mueva a lo largo del ADN, corte a medida que avanza. En la inmunidad CRISPR, cortar el ADN del fago evita que los fagos se repliquen y destruyan la célula huésped. Cuando se usa para ingeniería genética, esta estrategia se puede utilizar para eliminar millas de pares de bases alrededor de la secuencia de interes.
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