La explosión de CRISPR-Cas9

Parece que cada vez que te das la vuelta, hay otro periódico que menciona CRISPR-Cas9. ¿Qué tan rápido ha explotado el campo? ¡No hay nada como los datos que descubrir! En el histograma a continuación, cada barra en el eje X es una semana (que comienza arbitrariamente a fines de 2011) y el eje Y es la cantidad de artículos en una búsqueda en Pubmed de "CRISPR AND Cas9" (nota al margen: se debe incluir CRISPR en la búsqueda porque "Cas9" incluye falsamente resultados de algunos laboratorios a los que les gusta llamar caspasas "Proteínas Cas”, Por ejemplo, caspasa 9 = Cas9, caspasa 3 = Cas3).

Su corazonada era correcta: hay un nuevo documento que menciona CRISPR / Cas9 cada vez que se da la vuelta: varios por día, de hecho.

Y creo (espero) que eso signifique que estamos llegando a un punto de inflexión. Actualmente está de moda esparcir "Cas9" en un documento, incluso si el sistema se utiliza como herramienta para la biología y no en sí mismo como el foco del trabajo, porque llama la atención de los editores. Pero a medida que más y más grupos utilizan Cas9, edición de genes se convertirá en algo común. Incluso de rutina. ¡Y eso es exactamente lo que debería suceder! ¿Te imaginas un artículo en estos días que se jacta de cómo usaron electroforesis en gel para separar proteínas, o PCR y restricción enzimas CRISPR-Cas clonar un gen? Es el curso natural de las cosas para que las tecnologías disruptivas se conviertan rápidamente en una parte más de la caja de herramientas. ARNi, por ejemplo, que cambió completamente la biología no hace mucho tiempo y ahora se usa de manera rutinaria y sin problemas por la mayoría (SCD por sus siglas en inglés), laboratorios de biología. Compare el gráfico anterior con el equivalente de RNAi (la búsqueda aquí fue para "moléculas de ARN interferencia "debido a complicaciones en la búsqueda de" RNAi ", ya que también encuentra otros resultados en un virales ARN llamado "ARN-uno". También tenga en cuenta que hay algunos falsos positivos antes del artículo de Nature de 1998 de Andy Fire).

Espero con ansias el día en que CRISPR-Cas9 se convierta en un lugar tan común como RNAi, ya que significará que hemos llegado a una nueva era de la biología. ¿Quieres saber qué hace ese elemento genético conservado? Solo quítalo. ¿Quiere saber qué hace ese residuo conservado en su proteína favorita? Mudar en su organismo de interés. ¡No es gran cosa!

Será un momento increíble. Estoy en esto por el destino, no por el vehículo.

Para aquellos interesados, aquí se explica cómo generar el histograma.
(descargar registros en formato medline para una búsqueda en pubmed)

# medlinedates.py
#!/usr/bin/env python
from Bio import Medline # requires Biopython
import datetime
import sys
fin = sys.argv[1]
with open(fin) as p:
    records = Medline.parse(p)
    for record in records:
        d = record['DA']
        d = datetime.date(int(d[:4]), int(d[4:6]), int(d[6:8]))
        print d.toordinal()

-
(en la línea de comando)
$ medlinedates.py [medline format file you downloaded] > dates.txt
-
(en R)
# plotdates.R
d<-read.table("dates.txt", header=F)
ranges<-append(c(seq(min(d$V1), max(d$V1), by = 7)), max(d$V1))
hist(d$V1, breaks=ranges, freq=TRUE, col="blue")

By maíz jacob

Jacob Corn es profesor de biología del genoma en ETH Zürich. El laboratorio de maíz estudia la intersección de la reparación del ADN humano y las herramientas de edición del genoma y desarrolla nuevos enfoques para curar enfermedades humanas mediante la edición del genoma.