Eventos
Serie de seminarios IGI: Secuenciación profunda y aprendizaje profundo para el diseño de ARNm
Resumen
Avances revolucionarios en ARNm sintético vacunas y la terapéutica han expuesto la necesidad de comprender las reglas del diseño del ARNm. Aunque existe una fuerte preferencia conocida por algunos codones sobre otros, también mutaciones que cambian el codón pero no el aminoácidos son ampliamente considerados como intrascendentes. No obstante, nuestro trabajo ha demostrado recientemente que la elección de codones genera una diferencia cuantitativa en proteína salida: en general, cuanto más lenta sea la decodificación de un gen, se produce menos proteína. Esta preferencia general por codones más rápidos se ve contrarrestada por casos idiosincrásicos y difíciles de predecir en los que los codones rápidos traducción puede interrumpir la función, por ejemplo, al interferir con el plegamiento cotraduccional de proteínas. Usando una combinación de experimentos masivamente paralelos y grandes modelos de lenguaje, estamos construyendo modelos de las restricciones en las secuencias de ARNm que permitirán el diseño preciso de ARNm sintéticos optimizados para funcionar en una amplia gama de condiciones.
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Speaker
Liana Lareau— Un profesor asistente en la Departamento de Bioingeniería en Berkeley, donde utiliza métodos cuantitativos para comprender la regulación de la expresión de genes. Su trabajo combina métodos experimentales de alto rendimiento con análisis computacional.
Fue becaria postdoctoral en Pat Brownel grupo de investigación de la Bioquímica departamento de la Universidad de Stanford, con el apoyo de una beca de la Fundación de Investigación del Cáncer Damon Runyon. Usó bioinformática y métodos experimentales para aprender cómo se mueven los ribosomas a lo largo de las transcripciones. Después de que el laboratorio de Pat cerró, pasó un año en UC Santa Cruz trabajando en un genoma, proyecto de evolución con Ed Verde existentes Laboratorio de paleogenómica, antes de regresar a Berkeley y comenzar su propio grupo de investigación como miembro distinguido de QB3.
Hizo mi doctorado en la Biología molecular y celular departamento de UC Berkeley con steven brenner, y sus títulos universitarios fueron en matemáticas y biología en el MIT.
Nos esforzamos para que nuestros eventos sean accesibles e inclusivos. El edificio del Instituto de Genómica Innovadora cumple con la ley ADA y tiene una sala de lactancia que los visitantes pueden usar. Para obtener información sobre adaptaciones para discapacitados y/o acceso a la sala de lactancia, comuníquese con el organizador del evento o envíe un correo electrónico igi-info@berkeley.edu.