Seminario Manuel Leonetti y Jeff Hussmann: Perfilado profundo de los resultados de reparación en CRISPR Knock-In

Edición genómica ha revolucionado nuestra capacidad para manipular las propiedades del ser humano (NGF por sus siglas en inglés), e interrogar sus mecanismos. Sin embargo, para igualar la complejidad del ecosistema celular, este interrogatorio debe realizarse a escala. Aquí, presentaremos nuestros enfoques para optimizar el rendimiento de genoma, edición para el etiquetado fluorescente de endógenos proteínasy presentar nuestra colección OpenCell de> 1,200 líneas celulares HEK293T etiquetadas con GFP que combinan imágenes de células vivas y proteómica de interacción. Pero mientras se incorporan nuevas funciones al genoma por reparación dirigida por homología (HDR) es poderoso, nuestra falta de comprensión precisa de lo que gobierna la eficiencia y precisión de HDR dificulta su escalabilidad. Para abordar esta limitación, llevamos a cabo un perfil sistemático y cuantitativo del panorama de integración knock-in mediante la combinación de secuenciación de lectura larga con una nueva tubería computacional (knock-knock). Nuestros datos descubren perfiles de reparación complejos, con HDR perfecto que a menudo representa una minoría de eventos de integración de carga útil y distintos patrones de mala integración entre tipos de células o tipos de donantes de HDR. En conjunto, este marco integral allana el camino para investigar los mecanismos de reparación, monitorear la precisión y optimizar la precisión de la ingeniería del genoma.

Perfilado profundo de los resultados de reparación en CRISPR Knock-In:
Una puerta de entrada a la biología celular de alto rendimiento

Dr. Manuel Leonetti (izquierda)

Líder de grupo, Iniciativa Cell Atlas

Centro biológico de Chan Zuckerberg

Dr.Jeff Hussmann (Derecha)

Becario Postdoctoral, Microbiología e Inmunología

Facultad de Medicina de UCSF